我已在我的Debian v-9.1.0 64位Linux平台上的当前版本的Miniconda3中安装了Spyder3.2.1。 Spyder的表现不错，但是我在安装RDKit时遇到了困难。
我按照RDKit_Docs_current.pdf中的指示进行操作：
如何使用Conda安装RDKit
使用以下命令创建一个新的conda环境，其中安装了RDKit
软件包需要一个命令，类似于以下内容：
$ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
最后，必须激活新环境，以便
相应的python解释器在同一shell中可用：
$ source activate my-rdkit-env
在安装过程中没有警告或错误消息，但是当我尝试运行简单的Python脚本时：
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Tue Aug 15 11:41:24 2017
@author: comp
"""
from __future__ import print_function
from rdkit import Chem
m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
m
我得到：
IPython 6.1.0 -- An enhanced Interactive Python.
runfile('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py',
wdir='/home/comp/Apps/Python')
Traceback (most recent call last):
File "<ipython-input-1-3842c59475d8>", line 1, in <module>
runfile('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py',
wdir='/home/comp/Apps/Python')
File "/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py", line 688, in runfile
execfile(filename, namespace)
File "/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py", line 101, in execfile
exec(compile(f.read(), filename, 'exec'), namespace)
File "/home/comp/Apps/Python/untitled0.py", line 10, in <module>
from rdkit import Chem
ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'
RDKit安装在
~/miniconda3/envs/mr-rdkit-env中不幸的是，我不知道可能是什么问题，将不胜感激。
提前致谢。
最佳答案
如果您使用的是PyCharm，请尝试在RDKit中安装File > Settings > Project Interpreter > +软件包，然后搜索RDkit并安装并使用RDKit所在的Python解释器，也可以在Python解释器上引用~/miniconda3/envs/mr-rdkit-env/python.exe