我已经下载了biojava jar文件并保存在我的类路径中。我正在尝试从以下示例进行测试：http://www.biojava.org/wiki/BioJava:CookBook:Core:FastaReadWrite
但是，它给了我错误：
error: package org.biojava3.core.sequence does not exist
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;
我在网站上显示了示例文件的24个错误。我将jar文件保存在类路径中。那为什么给我错误呢？我错过了任何一步吗？
最佳答案
请检查您的类路径设置和biojava版本。
我从网页上结合了biojava 3.0.7版本中获取了示例。
这是我所做的
下载biojava.jar
wget http://biojava.org/download/maven/org/biojava/biojava3-core/3.0.7/biojava3-core-3.0.7.jar
创建一个Java文件
FastaOpen.java，其中包含从链接中获取的代码编译
javac -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen.java
执行
java -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen
Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 0
at FastaOpen.main(FastaOpen.java:20)
可以的例外，因为我没有指定文件名。
因此，对我而言，该示例正在奏效。并且如果我在编译时未指定类路径，则会得到与您相同的错误，例如：
FastaOpen.java:5: error: package org.biojava3.core.sequence does not exist
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;
上面的描述适用于Linux。在MS Windows上，您应该尝试类似于以下命令（在Powershell中发布）
汇编
PS > & 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\javac.exe' -cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar" .\FastaOpen.java
执行
PS > & 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\java.exe' -cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar;C:\Users\stefan\Downloads" FastaOpen
（文件，java源代码/类和jar都位于
Downloads目录中。