这是一个生物数据库,http://www.genecards.org/index.php?path=/GeneDecks
通常,如果我输入基因名称(字符串)(例如TF53)并将其显示在顶端,它将返回结果并显示在网页上。另外,如果用户要将其另存为制表符分隔/ XML文件,则可以选择它。但是,我有一个包含数千种基因名称的基因名称列表。如何通过Java程序自动执行这一系列过程?
我知道这个问题可能涉及面很广,可能有多种解决方法。仅对Java编程有一点经验,如果有人可以提出一种更简单的方法,我将非常感激。谢谢。
最佳答案
一种可能性是从列表中顺序读取基因名称,然后互相发送请求:http://www.genecards.org/index.php?path=/GeneDecks/ParalogHunter/<your gene name>/100/{%22Sequence_Paralogs%22:%221%22,%22Domains%22:%221%22,%22Super_Pathways%22:%221%22,%22Expression_Patterns%22:%221%22,%22Phenotypes%22:%221%22,%22Compounds%22:%221%22,%22Disorders%22:%221%22,%22Gene_Ontologies%22:%221%22}
(因此基本上可以模仿该网站的功能)。
例如:
http://www.genecards.org/index.php?path=/GeneDecks/ParalogHunter/TNFRSF10B/100/ {%22Sequence_Paralogs%22:%221%22,%22Domains%22:%221%22,%22Super_Pathways%22:%221%22,%22Expression_Patterns%22:%221%22,%22表型%22:% 221%22,%22Compounds%22:%221%22,%22Disorders%22:%221%22,%22Gene_Ontologies%22:%221%22}
但是,他们可能不喜欢以这种方式使用网站的人(提交大量自动请求)。您可能要检查他们的政策。另外,要检查的另一件事是它们是否具有可用于批量检索基因信息的正式API。