我想做一个类似马戏团的图来仅可视化SNP（SNP属性具有多个轨迹）。可以使用python，R来完成，也可以考虑其他语言。
到目前为止，我已经看过circlize R包。
但是，初始化马戏团图时出现错误"Range of the sector ('C') cannot be 0"。
我认为此错误是由于我拥有离散数据（SNP）而不是拥有所有职位的数据而引起的。也许这是因为我有一些重复的数据点。
我在下面简化了数据，并显示了到目前为止我尝试过的代码：
Sample Gene Pos read_depth Freq
1 A 20394 43 99
1 B 56902 24 99
2 A 20394 50 99
2 B 56902 73 99
3 A 20394 67 50
3 B 56902 20 99
3 C 2100394 21 50
install.packages("circlize")
library(circlize)
data <- read.table("test_circos.txt", sep='\t', header=TRUE)
circos.par("track.height" = 0.1)
circos.initialize(factors = data$Gene, x = data$Pos)
我想知道是否有可能得到一个像马戏团一样的图，其中我的每个数据点（在我的示例中为7个）被绘制为一个单独的数据点，而没有其他任何点以离散轴的方式绘制。
最佳答案
如果任何人都感兴趣，我决定如下：
每个类别的数据点数（= 'Gene'）；新列'Number'：
Sample Gene Pos depth Freq Number
1 A 20394 43 99 1
1 B 56902 24 99 1
2 A 20394 50 99 2
2 B 56902 73 99 2
3 A 20394 67 50 3
3 B 56902 20 99 3
3 C 2100394 21 50 1
如下设计马戏团配置文件（实际配置文件中不包含标题）：
chr - ID LABEL START END COLOUR
chr - A A 0 3 chr1
chr - B B 0 3 chr2
chr - C C 0 1 chr3
这意味着我的基因的长度将等于在所述基因中鉴定出的SNP的数量，并且基因的每个bp将代表我的SNP文件中的一行（= SNP）。
然后，我可以像平常一样使用杂技。
最后，我选择了杂技，因为它似乎最好地记录在案，因此除了看起来更灵活外，还易于学习。
关于python - 离散轴杂色图的软件推荐，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/57973107/