我需要使用linux命令从两个输入文件创建一个文件
输入1：
21 33210001 rs60180678 G T 100 PASS AVGPOST=1.0000;RSQ=0.9885;THETA=0.0002;AA=G;AN=2184;VT=SNP;LDAF=0.0019;SNPSOURCE=LOWCOV;AC=4;ERATE=0.0003;AF=0.0018;AFR_AF=0.01 GT:DS:GL
输入2：
21 33210001 . G T . . ;AA=0.0163934;AFE=0;ASNE=0;EUN=0;AFW=0.0113636;MED=0;LAT=0;VT=SNP;AF=0.0018
预期产量：
21 33210001 rs60180678 G T . . ;AA=0.0163934;AFE=0;ASNE=0;EUN=0;AFW=0.0113636;MED=0;LAT=0;VT=SNP;AF=0.0018
每个列由制表符空间分隔。
基于第一、第二、第四和第五列匹配创建输出。
out文件的每一列由制表符空间分隔。
最佳答案
以下是awk的一种方法：
awk 'BEGIN { FS=OFS="\t" } FNR==NR { a[$1,$2,$4,$5]=$3; next } ($1,$2,$4,$5) in a { $3=a[$1,$2,$4,$5] }1' file1 file2
结果：
21 33210001 rs60180678 G T . . ;AA=0.0163934;AFE=0;ASNE=0;EUN=0;AFW=0.0113636;MED=0;LAT=0;VT=SNP;AF=0.0018