python - 查找图案并打印下一列(两个文件)

我想在File2的File1的第1列中查找模式，然后在File2旁边打印File1的第二列：

File1（两列制表符分隔）：

APBW    lung
APCA    non virulent
ABKM    lung
APBX    lung
KK020   -
APBZ    non virulent
AOSU    lung
APBY    non virulent
APBV    joint; lung; CNS
CP001321    virulent
APBT    virulent
APBU    non-virulent
APCB    moderadamente virulenta (nose)
CP005384    -

File2（制表符分隔的两列）：

HS372_00243 gi|219690483|gb|CP001321.1|
HS372_00436 gi|529264994|gb|APBX01000055.1|
HS372_00445 gi|529256455|gb|APBT01000061.1|
HS372_00544 gi|529259149|gb|APBV01000035.1|
HS372_00545 gi|529259149|gb|APBV01000035.1|
HS372_00546 gi|529259149|gb|APBV01000035.1|

所需的输出（三列制表符分隔）：

HS372_00243 gi|219690483|gb|CP001321.1| virulent
HS372_00436 gi|529264994|gb|APBX01000055.1| lung
HS372_00445 gi|529256455|gb|APBT01000061.1| virulent
HS372_00544 gi|529259149|gb|APBV01000035.1| jointlungCNS
HS372_00545 gi|529259149|gb|APBV01000035.1| jointlungCNS
HS372_00546 gi|529259149|gb|APBV01000035.1| jointlungCNS

临时bash代码（不起作用），但对其他语言开放：

while read vl; do grep "$vl" File2 ; done < File1

还尝试了awk（因为它似乎正在寻找完全匹配并且File2中的字符串被其他东西包围，所以无法正常工作）：

awk 'BEGIN { FS = OFS = "\t" } FNR==NR{a[$1]=$0;next}($1 in a){print a[$1],$2,$3}' File1 File2

谢谢伯纳多

最佳答案

听起来像是您要的东西：

awk '
BEGIN { FS=OFS="\t" }
NR==FNR { map[$1] = $2; next }
{
    for (key in map)
        if ($0 ~ key)
            $0 = $0 OFS map[key]
    print
}
' file1 file2

关于python - 查找图案并打印下一列(两个文件)，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/21702673/