我正在使用openslide-python打开svs图像,并且遇到了以下问题:

>> import openslide as osi
>> a = osi.OpenSlide('image.svs')

产生错误
TIFFReadDirectory: Warning, Unknown field with tag 347 (0x15b) encountered.
image.svs: JPEG compression support is not configured.
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/manan/anaconda/lib/python2.7/site-packages/openslide/__init__.py", line 154, in __init__
    self._osr = lowlevel.open(filename)
  File "/home/manan/anaconda/lib/python2.7/site-packages/openslide/lowlevel.py", line 178, in _check_open
    raise OpenSlideError(err)
openslide.lowlevel.OpenSlideError: Unsupported TIFF compression: 7

我尚未在线找到该问题的任何解决方案。我已经检查了libopenjpeg和任何其他相关的库,以确保它们分别是最新版本。

最佳答案

如果您看一下代码:
https://github.com/openslide/openslide/blob/7b99a8604f38280d14a34db6bda7a916563f96e1/src/openslide-vendor-generic-tiff.c#L222-L226

if (!TIFFIsCODECConfigured(compression)) {
  g_set_error(err, OPENSLIDE_ERROR, OPENSLIDE_ERROR_FAILED,
              "Unsupported TIFF compression: %u", compression);
  goto FAIL;
}

您将看到它使用了libtiff:底层的TIFFIsCODECConfigured库提供了libtiff函数(请参阅man page)。

压缩标签设置为7;这是很少支持的JPEG ('new-style' JPEG)压缩方案-有时也称为JPEG-in-TIFF;您需要为其安装编解码器。

如果您仍然有幻灯片并使用过例如柯达成像,那么您也许可以使用其他压缩方式再次扫描它们。但这将是一种反复的方式。尝试添加编解码器并在libtiff中启用它可能更容易。

libtiff documentation:



因此,此支持是可选的,您可能需要重建libtiff(请参阅instructions)。



引用:
  • https://en.wikipedia.org/wiki/TIFF
  • http://www.awaresystems.be/imaging/tiff/tifftags/compression.html
  • http://www.awaresystems.be/imaging/tiff/faq.html
  • http://www.awaresystems.be/imaging/tiff/tml.html#google
  • https://web.archive.org/web/20160108212421/http://www.remotesensing.org/libtiff/TIFFTechNote2.html
  • http://libtiff.maptools.org/
  • http://www.asmail.be/msg0055223723.html
  • http://www.alternatiff.com/resources/TIFFphotoshop.pdf
  • https://support.microsoft.com/en-us/kb/885938
  • https://support.microsoft.com/en-us/kb/238249
  • http://www.libtiff.org/build.html
  • 关于python - 不支持的TIFF压缩,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题:https://stackoverflow.com/questions/37827484/

    10-09 18:51