r - 向 ordiplot3d() 添加点

我正在使用 vegan{} 制作 PCA，我还想通过因子(而不是它们唯一的行标识，这是 biplot.rda() 的默认值)标记我的点。对于我的 2D PCA，我使用了 Gavin Simpson 建议的 here 方法。我想问一下聪明的R社区是否有这种方法的3D版本用于创建自定义标记的PCA。
这是适用于 2D PCA 的方法:

#Relabel a la Gavin Simpson:
site.scr<-scores(dat.pca,display="sites",scaling=2,choices=c(1,2,3))
spp.scr<-scores(dat.pca,display="species",scaling=2,choices=c(1,2,3))

## generate x,y lims
xlims <- range(site.scr[,1], spp.scr[,1])
ylims <- range(site.scr[,2], spp.scr[,2])

## plot what you want, but leave out sites
biplot(dat.pca, display = "species", xlim = xlims, ylim = ylims)
points(site.scr[39:65,2:3],col="green",pch=1)   #These sites are in green
points(site.scr[1:38,2:3],col="brown",pch=3)        #These sites are in brown

我已经在我的一台计算机上使用 ordirgl() 完成了这项工作，但是有一些 R 版本/操作系统组合不能很好地与 rgl 配合使用(这对很多人来说似乎是一个问题)，所以我希望能够在 rgl() 和 ordiplot3d() 中绘制图

ordiplot3d(dat.pca, display = "species", scaling = 3)

这将点绘制到 3D 空间而不是 biplot.rda 的向量(第一个问题——我在使用 rgl 时也有这个问题——我认为这些点是在正常 biplot.rda() PCA 中绘制的向量的末端)。这对我来说并不重要，但如果有人知道如何在 ordirgl 中绘制这些向量并标记它们，我想知道。
更大的问题是，一旦 ordiplot3d 制作完成，我就很难向它添加点数。理想情况下，这将类似于 points() 。我已经在几个不同的问题线程中看到了这一点，但是如果有一个不需要 rgl 的优雅解决方案会很好。

最佳答案

首先是警告；目前，用于绘制 3d 双标图的底层代码(包 scatterplot3d )不允许我们对所有轴进行相同的缩放。因此双标图是不正确的，因为第三维不能以与其他两个相同的单位进行缩放。 Jari 为 scatterplot3d 包的维护者提供了一个补丁，允许对其进行控制，但我们正在等待它被接受等。

您缺少的是 ordiplot3d() (因为它使用了 scatterplot3d() )返回一个对象，该对象包含允许您将点等添加到现有 3d 散点图的函数。

这是一个例子

## continue example from ?biplot.rda
require(vegan)
## produces 'mod'
example(biplot.rda)
## why do we need this?
par(ask = FALSE)

## grab the scores on axes you require; mod == your fitted rda/pca
site.scr <- scores(mod, display = "sites", scaling = 3, choices = 1:3)
spp.scr <- scores(mod, display = "species", scaling = 3, choices = 1:3)

## do the 3d plot but suppress plotting of the species,
## though plot is scaled to accommodate them
ordi <- ordiplot3d(mod, display = "species", scaling = 3, type = "n")

现在看看对象 ordi 它是一个复杂的对象，返回函数，允许您向当前绘图添加点:

> str(ordi, max = 1)
List of 7
 $ xyz.convert   :function (x, y = NULL, z = NULL)
 $ points3d      :function (x, y = NULL, z = NULL, type = "p", ...)
 $ plane3d       :function (Intercept, x.coef = NULL, y.coef = NULL, lty = "dashed", lty.box = NULL,
    ...)
 $ box3d         :function (...)
 $ origin        : num [1, 1:2] 1.67 1.33
 $ envfit.convert:function (object)
 $ points        : num [1:30, 1:2] -0.146 2.776 1.291 3.102 2.816 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
 - attr(*, "class")= chr [1:2] "ordiplot3d" "ordiplot"

现在作为说明，使用返回的 points3d() 绘制带有颜色和圆圈的前 10 个物种，用不同的颜色和绘制字符等绘制后十个物种:

cols <- bgs <- c("red","green","blue")
pchs <- 21:23
ordi$points3d(spp.scr[1:10,1], spp.scr[1:10,2], spp.scr[1:10,3],
              col = cols[1], bg = bgs[1], pch = pchs[1])
ordi$points3d(spp.scr[11:20,1], spp.scr[11:20,2], spp.scr[11:20,3],
              col = cols[2], bg = bgs[2], pch = pchs[1])
ordi$points3d(spp.scr[21:30,1], spp.scr[21:30,2], spp.scr[21:30,3],
              col = cols[3], bg = bgs[3], pch = pchs[3])

它产生:

但请注意，这不是真正的双标图，因为在将具有相等缩放的能力添加到 scatterplot3d() 之前，第 3 轴 (z) 上的缩放是错误的。

关于r - 向 ordiplot3d() 添加点，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/10716121/

RGL

r - 向 ordiplot3d() 添加点