我试着运行一个R脚本。
这是我的R脚本中的一些行big2.r

dataa <- read.csv("/home/people/R2/big2.csv")
write.csv(head(dataa), file="/home/people/R2/head.csv")

当我在终端中执行R CMD BATCH big2.r时,它会给我一个.Rout文件和head.csv。
但是当我尝试使用big2.sh文件通过qsub big2.sh将作业提交到队列时,它不会给我一个.Rout文件或head.csv,并且该作业的qstat是C standard然后它就消失了。
这是我的.sh文件的内容
#!/bin/bash -l

module load R/3.2.2
R CMD BATCH big2.r

我做错什么了?提交执行R脚本的作业的正确方法是什么?
当我尝试#!/usr/bin/r时,我得到以下错误。
-bash: /var/spool/torque/mom_priv/jobs/363059.sonic-head.SC: /usr/bin/r: bad interpreter: No such file or directory
我尝试了Bash script: bad interpreter中找到的解决方案,但没有帮助。

最佳答案

好吧,试试这样:

#!/usr/bin/bash -l
#PBS -N qsub_R_test

cd $PBS_O_WORKDIR
echo We are now in working directory $PWD
module load R/3.2.2
R CMD BATCH big2.r

07-26 09:31