我试着运行一个R脚本。
这是我的R脚本中的一些行big2.r
dataa <- read.csv("/home/people/R2/big2.csv")
write.csv(head(dataa), file="/home/people/R2/head.csv")
当我在终端中执行
R CMD BATCH big2.r
时,它会给我一个.Rout文件和head.csv。但是当我尝试使用
big2.sh
文件通过qsub big2.sh
将作业提交到队列时,它不会给我一个.Rout文件或head.csv,并且该作业的qstat是C standard
然后它就消失了。这是我的.sh文件的内容
#!/bin/bash -l
module load R/3.2.2
R CMD BATCH big2.r
我做错什么了?提交执行R脚本的作业的正确方法是什么?
当我尝试
#!/usr/bin/r
时,我得到以下错误。-bash: /var/spool/torque/mom_priv/jobs/363059.sonic-head.SC: /usr/bin/r: bad interpreter: No such file or directory
我尝试了Bash script: bad interpreter中找到的解决方案,但没有帮助。
最佳答案
好吧,试试这样:
#!/usr/bin/bash -l
#PBS -N qsub_R_test
cd $PBS_O_WORKDIR
echo We are now in working directory $PWD
module load R/3.2.2
R CMD BATCH big2.r