linux - 从头开始运行三位一体

我在运行rnaseqtrinity时遇到问题，我的命令行在这里：

/home/marziyeh/Software/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/
Trinity --seqType fq --max_memory 4G --left /home/marziyeh/Data/RNA-seq\ data/Main\ data/paired_32_L3_1_trimmed.fq.gz paired_33_L3_1_
trimmed.fq.gz --right  paired_32_L3_2_trimmed.fq.gz paired_33_L3_2_trimmed.fq.gz --CPU 2  --output trinity_out_dir_32_32.fq.gz

但有时会出现以下错误：
错误，找不到文件：paired_33_L3_1_trimmed.fq.gz at/home/marziyeh/Software/trinitynaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity line
2429号。main：：创建在/home/marziyeh/Software/trinitynaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity line调用的完整路径（数组（0x555a78a86df0），1）
一千一百五十九
非常感谢你的建议。

最佳答案

听着，你的校长有个致命的错误。
您的命令行指示您的读取是成对结束的。但是你的左读路径有一些问题。
一。您应该使用--left来代替\。
2。您的命令不应该有空格，linux中的空格表示分隔符。

关于linux - 从头开始运行三位一体，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/46080451/