linux - 如何通过管道将两个输出文件进行bgzip？

我正在运行一个生成两个输出文件的命令，这两个文件非常大，我希望通过管道将输出压缩为bgzipped，而不是在写入后对输出运行bgzip。
以下是我当前的命令：

samtools sort -n --threads 16  -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq  - -1 $file_1.fastq -2 $file_2.fastq
bgzip $file_1.fastq
bgzip $file_2.fastq

所有这些都能在一个指挥部完成吗？
谢谢您！

最佳答案

明白了！

samtools sort -n --threads 16  -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq - -1 >(pigz -p 12 > $file_1.fastq.gz) -2 >(pigz -p 12 > $file_2.fastq.gz)

关于linux - 如何通过管道将两个输出文件进行bgzip？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/38133826/