我想使用pyiron计算系统中离子的均方位移。我如何看待总位移(即不因周期性边界条件而折返)而又没有非常频繁地倾倒并检查原子何时越过边界并被包裹？
最佳答案
尝试比较job['output/generic/unwrapped_positions'][-1]和job.structure.positions+job.output.total_displacements[-1]。如果它们提供相同的值，那么两种方法都可以。如果没有，您可以在此处在笔记本中张贴相关行。
我想使用pyiron计算系统中离子的均方位移。我如何看待总位移(即不因周期性边界条件而折返)而又没有非常频繁地倾倒并检查原子何时越过边界并被包裹？
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尝试比较job['output/generic/unwrapped_positions'][-1]和job.structure.positions+job.output.total_displacements[-1]。如果它们提供相同的值，那么两种方法都可以。如果没有，您可以在此处在笔记本中张贴相关行。