3D点由接近3D密度高斯http://bit.ly/1KjfTYN的函数定义。五个参数是必需的:“亮度”,散布和定义斑点起源的三个参数x0, y0, z0
。 x,y和z属于区间[-50; 50]。
该函数产生一个3D numpy数组,其中包含定义该点的光密度值。这种阵列的形状是(200,200,200)。
投影在飞机上的3D点看起来像左图。右图显示了从3D点找到的点的中心:
由于参数x0,y0,z0是已知的,例如:
-6.27467613177
-14.0836144387
-15.7856389635
应该有可能编写一个以x0,y0,z0作为参数的函数,从而在每个地方产生一个等于0的3D numpy数组,但在素体值应等于1的点的原点除外。应该设置以下函数知道坐标原点的3D点的原点:
def make_spot_origin_3d(x0,y0,z0):
'''generate a volume V(x0,y0,z0)=1 and equal to 0 elsewhere.
DOESN'T WORK !!
'''
# Create x and y indices
x = np.linspace(-50, 50, 200)
y = np.linspace(-50, 50, 200)
z = np.linspace(-50, 50, 200)
X, Y, Z = np.meshgrid(x, y, z,)
presence = 0*(X <> x0)*(Y <> y0)*(Z <> z0)
presence = 1*(X == x0)*(Y == y0)*(Z == z0)
return presence
那不行
因此,我尝试通过提取斑点原点的坐标来标记该斑点的原点:
def find_coordinates_spot_origin(volume_array):
loc_density_max = np.where(volume_array == volume_array.max())
origin = np.uint16(np.mean(loc_density_max, axis=1))
return origin
然后可以设置一个体积,其中1个值标记了原点
def find_spot_centre(volume_array):
coord = find_coordinates_spot_origin(volume_array)
origin_3d = np.zeros(volume_array.shape)
origin_3d[coord[0],coord[1], coord[2]]=1
return np.uint16(origin_3d)
但它乏味。例如,从点(即从3D numpy数组)提取的点的原点坐标为:
(array([71]), array([87]), array([68]))
因此,我正在寻找一个函数,该函数采用float,x0,y0,z0的元组,并产生一个3D数组,该像素点的原点处的一个体素等于1,并在各处填充零。
最佳答案
创建零数组,然后找到单点的索引并将该点设置为1
是最简单的。要查找(x,y,z)索引,可以使用searchsorted
或自己进行数学计算。
import numpy as np
def make_spot_origin_3d(x0,y0,z0):
d = np.linspace(-50, 50, 200)
r = np.zeros(d.shape*3)
ix = np.searchsorted(d, (x0, y0, z0))
r[tuple(ix)] = 1
return r
r = make_spot_origin_3d(45.7, -7.1, 2.9)
要验证这一点:
print np.unravel_index(np.argmax(r), r.shape)
# (191, 86, 106) # seems reasonable
您也可以直接计算索引。在这里,您可以将函数中提供
ix
的行替换为:mn, mx, span = -50., 50., 200.
ix = ((np.array([x0, y0, z0])-mn)*span/(mx-mn)).astype(np.int)
print ix
# [191 85 105] # similar to above.. but a bit different due to rounding/indexing issues which I don't want to think through right now..
在这里,我假设使用相同的值(即-50、50、200)对每个轴进行除杂,只是为了使其简短而简单,但是对于不同的值,只需明确地写出每个轴即可。
关于python - 如何在知道其坐标原点的情况下设置体积点的原点?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题:https://stackoverflow.com/questions/31543751/