r - 使用getGEO下载GPL文件时出错

使用OSX 10.11和R 3.3.0，我使用GEOQuery包收到此错误：

library(GEOquery)
GSE56045 <- getGEO("GSE56045")

它下载GSE文件而不下载GPL：

Error in download.file(myurl, destfile, mode = mode, quiet = TRUE, method = getOption("download.file.method.GEOquery")) :
  cannot open URL 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?targ=self&acc=GPL10558&form=text&view=full'

最佳答案

似乎GPL文件已重定向，并且在GEOquery中自动设置的下载方法无法遵循重定向：setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')

我可以通过在R中运行它来使它工作：options('download.file.method.GEOquery' = 'libcurl')
另外，我还必须删除旧的下载的GPL文件-这只是重定向消息。对于getGEO命令使用destdir =，仅设置下载目录而不是查找临时文件会更容易。