r - R中出现nlme示例中的错误消息，但S中不出现

我正在通过S中的混合效果模型和R中的S-Plus进行工作，但是某些代码无法以文本形式生成结果。在第6章中，其中一个示例未能与所提供的代码融合。

该示例是对Phenobarb包随附的nlme数据集执行的非线性混合效果模型。

library(nlme)

fm1Pheno.nlme <- nlme(model = conc ~ phenoModel(Subject, time, dose, lCl, lV),
                      data = Phenobarb,
                      fixed = lCl + lV ~ 1,
                      random = pdDiag(lCl + lV ~ 1),
                      start = c(-5,0),
                      na.action = na.pass,
                      naPattern = ~ !is.na(conc))

fm1Pheno.nlme

第一个模型运行良好，但是第二个模型基于第一个模型

fm2Pheno.nlme <- update( fm1Pheno.nlme,
                         fixed = list(lCl ~ Wt, lV ~ Wt + ApgarInd),
                         start = c(-5.0935, 0, 0.34259, 0, 0),
                         control = list(pnlsTol = 1e-6) )

..返回错误

Error in nlme.formula(model = conc ~ phenoModel(Subject, time, dose, lCl,  :
  maximum number of iterations (maxIter = 50) reached without convergence

第二个模型显然适用于S，但不适用于R。有人可以提出解决方案吗？错误是由于S和R之间的某些差异引起的吗？

最佳答案

我们可以通过调整pnlsTol参数来解决此问题:

fm2Pheno.nlme <- update(fm1Pheno.nlme,
                        fixed = list(lCl ~ Wt, lV ~ Wt + ApgarInd),
                        start = c(-5.0935, 0, 0.34259, 0, 0),
                        control = list(pnlsTol = 0.019))

要了解为什么这样做，请尝试将msVerbose = TRUE添加到control，并查看在公差参数较低的情况下值如何保持跳跃。增加pnlsTol是解决此类收敛问题的一种非常普遍的方法，请参见，例如，

Tricks for fitting data in nlme?

Gastric Emptying Analysis with R: Miscellaneous

Correlation structure of nested nonlinear mixed model

[R] nlme and pnlsTol

[R-sig-ME] nlme: "Singularity in backsolve" error in ODE-defined, but not in closed-form model

关于r - R中出现nlme示例中的错误消息，但S中不出现，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/52884290/