java - 使用Bash脚本通过Java代码运行多个文件

我有一些用于分析文件的代码，该代码设置为使用/ home / john / Dropbox / PhD / MultiFOLDIA /目录中的以下命令行输入一次分析1个文件：

java MultiFOLDIA_IMODE1 complex.1.pdb / home / john / Dropbox / PhD / MultiFOLDIA / Poses / T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_complex.1.pdb_IMODE1.txt> / home / john / Dropbox / PhD / MultiFOLDIA /MultiFOLDIA_IMODE1.log

我想在/ home / john / Dropbox / PhD / MultiFOLDIA / Poses /目录中的每个文件上运行命令，并尝试使用以下脚本：

#!/bin/bash

poses=(~/home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/*)

for f in "${poses[@]}"; do
java MultiFOLDIA_IMODE1 "$f" /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_"$f"_IMODE1.txt > /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/MultiFOLDIA_IMODE1.log
done

它不起作用，我想我不理解如何从数组中提取文件名并以这种方式利用它们。

最佳答案

~/已经是/home/john。

因此~/home/john可能不存在。

这应该使您更接近目标：

cd /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/

for pdb in *.pdb
do
  echo "Processing $pdb"
  java MultiFOLDIA_IMODE1 "$pdb" ./ T0868_T0869 ../T0868_T0869_"$pdb"_IMODE1.txt >> ../MultiFOLDIA_IMODE1.log
done