r - ggVis : creating a plot with multiple layers on different dataset

我正在尝试使用ggvis重现ggplot2图。
该图旨在表示点的坐标(来自对应分析)及其簇(hclust)标准分散椭圆。

TL;博士

我想制作一个基于多个数据集的多层ggvis图。
因此，功能/管道方法使我无法对一层进行分组，而对另一层进行分组。

整个(简短注释)的代码在这里:https://gist.github.com/RCura/a135446cda079f4fbc10

这是用于创建数据的代码:

 a <- rnorm(n = 100, mean = 50, sd = 5)

 b <- rnorm(n = 100, mean = 50, sd = 5)

 c <- rnorm(n = 100, mean = 50, sd = 5)

 mydf <- data.frame(A = a, B = b, C = c, row.names = c(1:100))

 library(ade4)

 myCA <- dudi.coa(df = mydf,scannf = FALSE,  nf = 2)

 myDist <- dist.dudi(myCA, amongrow = TRUE)

 myClust <- hclust(d = myDist, method = "ward.D2")

 myClusters <- cutree(tree = myClust, k = 3)

 myCAdata <- data.frame(Axis1 = myCA$li$Axis1, Axis2 = myCA$li$Axis2, Cluster = as.factor(myClusters))

 library(ellipse) # Compute Standard Deviation Ellipse

 df_ellipse <- data.frame()

 for(g in levels(myCAdata$Cluster)){
   df_ellipse <- rbind(df_ellipse,
                 cbind(as.data.frame(
                 with(myCAdata[myCAdata$Cluster==g,],
                 ellipse(cor(Axis1, Axis2),
                 level=0.7,
                 scale=c(sd(Axis1),sd(Axis2)),
                 centre=c(mean(Axis1),mean(Axis2))))),
                 Cluster=g))
 }

我可以通过ggplot2进行绘制:

library(ggplot2)

myPlot <- ggplot(data=myCAdata, aes(x=Axis1, y=Axis2,colour=Cluster)) +
  geom_point(size=1.5, alpha=.6) +
  geom_vline(xintercept = 0, colour="black",alpha = 0.5, linetype = "longdash" ) +
  geom_hline(xintercept = 0, colour="black", alpha = 0.5, linetype = "longdash" ) +
  geom_path(data=df_ellipse, aes(x=x, y=y,colour=Cluster), size=0.5, linetype=1)
myPlot

但是我找不到如何使用ggvis绘制此图。

我可以绘制两个不同的层:

library(ggvis)

all_values <- function(x) { paste0(names(x), ": ", format(x), collapse = "<br />")}

 ggDF <- myCAdata

 ggDF$name <- row.names(ggDF)

## Coordinates plot
myCoordPlot <- ggvis(x = ~Axis1, y = ~Axis2, key := ~name, data = ggDF) %>%

  layer_points(size := 15, fill= ~Cluster, data = ggDF) %>%

  add_tooltip(all_values, "hover")

 myCoordPlot

椭圆图(无需工具提示)

 myEllPlot <- ggvis(data = df_ellipse, x = ~x,  y = ~ y) %>%

  group_by(Cluster) %>%

  layer_paths(x= ~x, y= ~y, stroke = ~Cluster, strokeWidth := 1)

 myEllPlot

但是当我想在同一图上绘制两个图层时:

 myFullPlot <- ggvis(data = df_ellipse, x = ~x,  y = ~ y) %>%

 layer_paths(x= ~x, y= ~y, stroke = ~Cluster, strokeWidth := 1) %>%

 layer_points(x = ~Axis1, y= ~Axis2, size := 15, fill= ~Cluster, data = ggDF) %>%

 add_tooltip(all_values, "hover")

 myFullPlot

椭圆没有分组，因此，颜色不合适，并且椭圆没有分开。
如果我尝试对Ellipses进行分组，则无法使用:group_by仅是layer_paths所必需的，并且会弄乱layer_points。

任何想法如何使这项工作？
很抱歉，这篇文章很长，但是我一直在努力工作数小时:/

最佳答案

问题在于，当您尝试将两者结合时，您不会在省略号数据集上使用group_by Cluster。您需要执行以下操作才能使其工作:

myFullPlot <- ggvis(data = df_ellipse, x = ~x, y = ~ y) %>% group_by(Cluster) %>%

  layer_paths(stroke = ~Cluster, strokeWidth := 1) %>%

  layer_points(x = ~Axis1, y= ~Axis2, size := 15, fill= ~Cluster, data = ggDF)

myFullPlot

这样您就可以得到想要的图形!

P.S.我认为您的数据创建中存在一些随机性，因为我得到的数据集与您的不同。

关于r - ggVis : creating a plot with multiple layers on different dataset，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/27659921/