我正在尝试以sdf格式从pubchem数据库中提取与特定精确质量匹配且在该精确质量的10ppm（exactmass-cmpndmass / exactmass）* 10 ^ 6范围内的化合物的化学结构。有没有一种方法可以使用与pubchem接口的python或java编程语言来实现。
最佳答案
PubChem具有REST API，可下载化学结构。为了检索给定质量范围内的PubChem化合物记录，应启动Entrez查询以生成CID列表。该示例的质量范围为100：100.01。
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pccompound&usehistory=y&retmax=0&term=100:100.01[exactmass]
您可以参考本教程
Power user gateway