更新:答案中的链接既有趣又有用,但是不幸的是并不能满足对Java API的需求,因此我仍然期待任何输入。

我正在建立化学化合物数据库。我需要所有同义词(IUPAC和通用名称)以及每个的安全性数据。
我将使用PubChem(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)上免费提供的数据

有一种简单的方法可以通过简单的HTTP获取来查询每个化合物。例如,要获取甘油数据,URL为:

http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=753


并且以下URL将返回易于解析的格式:

http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=753&disopt=DisplaySDF


但它只会响应非常基本的信息,缺乏安全数据,并且仅提供一些通用名称。

Scripps(citation)的一个小组开发了一个JAVA公共域API,该API看起来非常完整。代码是here

不幸的是,该API的文档不够完善,由于所涉及数据的复杂性,很难遵循。
对于我收集的内容,pubchemdb使用的是PubChem Power User Gateway (PUG) XML API

有没有人使用过此API(或其他任何可用的API)?我将对如何开始使用它的简短描述或教程表示赞赏。

最佳答案

Cactvs Chemoinformatics toolkit(供学术/教育免费使用)具有完整的PubChem集成。使用脚本环境,您可以轻松地执行以下操作

cactvs> ens创建753

ens0

cactvs> ens获取ens0 E_NAMESET

丙烷-1,2,3-三醇甘油8043-29-6 29796-42-7 30049-52-6 37228-54-9 75398-78-6 78630-16-7 8013-25-0 175385-78-1 25618-55-7 64333-26-2 56-81-5 {Tegin M} LS-1377 G8773_SIGMA 15523_RIEDEL {甘油,天然} NCGC00090950-03 191612_ALDRICH 15524_RIEDEL {甘油溶液} L-甘油49767_FLUKA {生物柴油杂质} 49770_FLUKA 49771_FLUKA NCGC000 01 49927_FLUKA甘油-明胶G7757_SIAL GOL D-甘油G9012_SIAL {多元醇} c0066 MOON {NSC 9230} G2025_SIGMA ZINC00895048 49781_FLUKA {浓缩甘油} {浓缩甘油(JP15CO3S)(甘油甘油(JP15USS)} D00028) CRY 49782_FLUKA NCGC00090950-02 G6279_SIAL W252506_ALDRICH G7893_SIAL {甘油,浓缩} 33224_RIEDEL Bulbold Cristal甘油G9281_SIGMA甘油-1,2,3-3H G1901_SIGMA G7043_SIGMA 1,2,3-三羟基丙二醇1,2,3-三羟基丙二醇甘油-[2-3H]} CHEBI:17754甘油Oelsuess InChI = 1 / C3H8O3 / c4-1-3(6)2-5 / h3-6H,1-2H {90 Technic al甘油} Dagralax {无水甘油} {甘油,合成}甘油甘油甘油{甘油醇}甘油甘油NSC9230邻苯二甲酸osmoglyn丙三醇{合成甘油} {合成甘油}三羟基丙烷Q1-14 -01-00-02751(Beilstein手册参考)} AI3-00091 {BRN 0635685} {CCRIS 2295} {Caswell No.469} {Citifluor AF 2} {Clyzerin,wasserfrei [德语]} {EINECS 200-289-5} {EPA农药化学代码063507} {FEMA编号2525} {Glicerina [DCIT]} {Glicerol [INN-西班牙文}} {甘油(薄雾)} {甘油[JAN]} {甘油雾} {甘油雾}甘油{甘油[INN-拉丁语]} Grocolene {HSDB 492} IFP {掺入因子} 1,2,3-丙三醇C00116 Optim {丙三醇(VAN)} {1,2,3-丙三醇,均聚物} {甘油聚合物} {甘油,聚合物} {HL 80} {PGL 300} {PGL 500} {PGL 700}聚甘油聚甘油聚甘油{Unigly G 2} {Unigly G 6} G5516_SIGMA MolMap_000024

仙人掌>


这掩盖了所有PUG的丑陋-但无论如何,我敢说PUG有据可查。该工具包远远不止简单的数据下载-如果您愿意,您甚至可以像本地SD文件一样打开和查询PubChem。

但是,PubChem不包含安全数据。安全数据取决于国家/地区,受到严格监管,因此您应该非常小心,以免受到责任打击。让您的方法由法律人员检查!

07-24 22:18