linux - 使grep带有和不带有破折号“-”的精确匹配字符串

这个问题看起来很简单，也很常见，所以我查阅了很多答案，但似乎没有一个提供适当的一般解决方案。
我需要grep大制表符分隔的6列文件（实际上是bed文件），以使用字符串变量（项）列表按第一列的内容进行拆分。我只需要一个以给定字符串开头的行。
我成功地利用了

grep -w "$name" inputfile

$name从字符串列表中读取
为此，直到字符串具有以下格式（示例）：yal038w但也有yal038w-a、yal038w-b，…
因此，带有grep选项的-w认为yal038w与yal038w-a、yal038w-b相同，因为“-”是单词分隔符。它可以与“_”一起工作，但不能与“-”一起工作。
我找到了基于awk的解决方案，这些方案运行良好，例如：

awk -F $'\t' -vsearch=$name '$1==search' inputfile

但是awk非常慢，超过10倍，见下面的时间测量
对于要查找的2.5 GB输入文件和>5000个项，脚本已经运行了>24小时！
输入文件示例：

YAL038W-A       0       48      HWI-1KL176:101:CC27NACXX:3:2208:17646:92047     0       +
YAL038W-A       0       48      HWI-1KL176:101:CC27NACXX:3:2211:17326:31268     0       +
YAL038W 1       50      HWI-1KL176:101:CC27NACXX:8:1205:16311:19319     3       +
YAL038W 1       27      HWI-1KL176:101:CC27NACXX:8:2103:4951:94527      42      +

time grep -w "YAL038W" inputfile > testfile.txt
real    0m3.569s

time awk -F $'\t' -vsearch="YAL038W" '$1==search' inputfile > testfile.txt
real    0m29.521s

我正在寻找使用grep或其他方法的快速解决方案，我需要在循环中将变量传递给此命令。
另一种方法是用“-”替换“_”来修改输入文件，但这是我认为的最后一种可能…
提前谢谢

最佳答案

我找到了基于awk的解决方案，这些方案运行良好，例如：

awk -F $'\t' -vsearch=$name '$1==search' inputfile

但是，awk非常慢……
我正在寻找使用grep的快速解决方案…
如果上面的awk命令对您有效，则可以执行以下操作：

grep ^$name$'\t' inputfile

只需在每一行的开头搜索后面跟着一个制表符的名称。