python - 使用条件匹配一行中的多个模式

我有一个像这样的 fasta 文件:myfasta.fasta

>1_CDS
AAAAATTTCTGGGCCCCGGGGG
AAATTATTA
>2_CDS
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA
>3_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT
>4_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT
>5_rRNA
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA
>6_tRNA
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA

我有一个代码，我想用它来根据具有匹配模式(如“CDS”、“tRNA”等)的 id 来分隔序列。在下面的代码中，我尝试使用startswith 并匹配不匹配的模式t 似乎工作。有人可以帮助我如何在 python 中查找两个条件。

代码:python mycode.py myfasta.fasta

#!/usr/bin/env python
import sys
import os
myfasta = sys.argv[1]
fasta = open(myfasta)

for line in fasta:
    if line.startswith('>') and 'CDS' in line:
        print(line)
    else:
        print(line)

预期输出(如果我使用 CDS ):

>1_CDS
AAAAATTTCTGGGCCCCGGGGG
AAATTATTA
>2_CDS
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA
>3_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT
>4_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT

最佳答案

这是一个适合您的代码。如果一行有 CDS，它会打印该行和下一行。 strip() 在打印行时删除行尾字符。

#!/usr/bin/env python
import sys
import os
myfasta = sys.argv[1]

flag = False
with open(myfasta) as fasta:
    for line in fasta:
        if line.startswith('>') and 'CDS' in line:
            flag = True
        elif line.startswith('>'):
            flag = False
        if flag:
            print(line.strip())

编辑 :您可以将 elif 部分删除为以下代码:

#!/usr/bin/env python
import sys
import os
myfasta = sys.argv[1]

flag = False
with open(myfasta) as fasta:
    for line in fasta:
        if line.startswith('>'):
            flag = 'CDS' in line
        if flag:
            print(line.strip())

关于python - 使用条件匹配一行中的多个模式，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/55386592/

Fasta

python - 使用条件匹配一行中的多个模式