我正在尝试在virtualenv内使用网状和Python编织Rmd文件。
以下是我的R设置块：
```{r r-setup}
library(reticulate)
venv_path <- "/path/to/venv/"
use_virtualenv(venv_path, required = TRUE)
```
这按预期工作。但是，当我尝试导入geopandas时，下一步将中断：
```{python}
import geopandas as gpd
```
追溯如下：
Error in py_module_import... OSError: Could not find lib c or load any variants...
追溯错误指向整形的包装
from shapely.geometry import shape, Point File。其他Python库在块内加载没有问题，例如import os。从这些消息中，我猜测它没有加载OGR / GDAL绑定。但是，我不确定该如何解决。
当我在笔记本中运行块时，
import geopandas运行没有错误，例如不编织。它也可以在我项目的repl_python()外壳中使用。因此，问题似乎主要与编织和编织有关。我的RStudio版本是：1.1.456。
session_info（）的输出是：
sessionInfo（）
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-apple-darwin17.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.6
Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libLAPACK.dylib
locale:
[1] en_NZ.UTF-8/en_NZ.UTF-8/en_NZ.UTF-8/C/en_NZ.UTF-8/en_NZ.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] reticulate_1.10 stringr_1.3.1 dplyr_0.7.6 ggplot2_3.0.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.18 pillar_1.3.0 compiler_3.5.1 plyr_1.8.4
[5] bindr_0.1.1 tools_3.5.1 digest_0.6.17 packrat_0.4.9-3
[9] jsonlite_1.5 evaluate_0.11 tibble_1.4.2 gtable_0.2.0
[13] lattice_0.20-35 pkgconfig_2.0.2 rlang_0.2.2 Matrix_1.2-14
[17] yaml_2.2.0 bindrcpp_0.2.2 withr_2.1.2 knitr_1.20
[21] rprojroot_1.3-2 grid_3.5.1 tidyselect_0.2.4 glue_1.3.0
[25] R6_2.2.2 rmarkdown_1.10 purrr_0.2.5 magrittr_1.5
[29] scales_1.0.0 backports_1.1.2 htmltools_0.3.6 assertthat_0.2.0
[33] colorspace_1.3-2 stringi_1.2.4 lazyeval_0.2.1 munsell_0.5.0
[37] crayon_1.3.4
最佳答案
我设法通过删除指向我的brew安装的R库的“ DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH”来解决此问题。
该解决方案位于python块中，如下所示：
```{python}
import os
FALLBACK_PATH = {"DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH" : "/usr/local/Cellar/r/3.5.1/lib/R/lib"}
del os.environ["DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH"]
import geopandas
# Reset the environmental variable.
os.environ.update(FALLBACK_PATH)
```
我不确定这是否是最干净的解决方案，但它是否有效。同样也不确定这是否仅是Mac OSX问题。
关于python - 使用Knitr进行编织时，无法在RStudio中使用网状导入 Pandas ，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/52306635/