任何人都可以解释在 computeFeatures 中用于计算不同功能的内容吗？
我得到了在 ? computeFeatures 中详细说明的正在应用的命名约定。我不明白 .0. 、 .a. 和 .Ba. 标签。
例如:
> library(EBImage)
> y = readImage(system.file("images", "nuclei.tif", package="EBImage"))[,,1]
> x = thresh(y, 10, 10, 0.05)
> x = opening(x, makeBrush(5, shape='disc'))
> x = bwlabel(x)
> ft = computeFeatures(x, y, xname="nucleus")
> colnames(ft)
[1] "nucleus.0.m.cx" "nucleus.0.m.cy"
[3] "nucleus.0.m.majoraxis" "nucleus.0.m.eccentricity"
<snip>
[11] "nucleus.0.s.radius.max" "nucleus.a.b.mean"
[13] "nucleus.a.b.sd" "nucleus.a.b.mad"
<snip>
[51] "nucleus.Ba.b.mean" "nucleus.Ba.b.sd"
[53] "nucleus.Ba.b.mad" "nucleus.Ba.b.q001"
[55] "nucleus.Ba.b.q005" "nucleus.Ba.b.q05"
<snip>
我的猜测是
nucleus.0.* 功能仅使用 x 中包含的二进制掩码中的数据。所以 nucleus.0.m.cy 是使用二进制数据计算的 y 轴质心。还有 nucleus.a.m.cy 和 nucleus.Ba.m.cy 但不清楚这些计算有什么不同(它们非常相关但不相同)。我还假设
.a. 和 .Ba. 使用 y 中的强度值，但细节含糊不清。 nucleus.a.b.mean 和 nucleus.Ba.b.mean 等功能相似(~.80 corr)但不相同。我假设他们估计了 y 中标签定义的对象的平均 x 强度，但差异尚不清楚。有没有这方面的文件？
谢谢，
最大限度
> session 信息()
R 正在开发中(不稳定) (2014-08-23 r66461)
平台:x86_64-apple-darwin10.8.0(64位)
语言环境:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
附带的基础包:
[1] stats graphics grDevices utils datasets 方法基础
其他附加包:
[1] EBImage_4.7.16
通过命名空间加载(而不是附加):
[1] abind_1.4-0 BiocGenerics_0.11.4 grid_3.2.0
[4] jpeg_0.1-8lattice_0.20-29 locfit_1.5-9.1
[7] parallel_3.2.0 png_0.1-7 tiff_0.1-5
[10] 工具_3.2.0
最佳答案
您是否在这里看过文档:AnalysisWithEBImage
这似乎是讨论包的最深入的文档。您是否尝试过直接联系作者 Grégoire Pau？我确定如果你谷歌他，你可以找到他。