首先,我认为问题出在我身上,而不是Eigen的LLT模块。就是说,这里是代码(我将简要说明问题),但是在Rstudio中采购代码应重新创建该错误。
#include <RcppEigen.h>
using namespace Rcpp;
using Eigen::MatrixXd;
using Eigen::VectorXd;
// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]
template <typename T>
void fillUnitNormal(Eigen::PlainObjectBase<T>& Z){
int m = Z.rows();
int n = Z.cols();
Rcpp::NumericVector r(m*n);
r = Rcpp::rnorm(m*n, 0, 1); // using vectorization from Rcpp sugar
std::copy(std::begin(r), std::end(r), Z.data());
}
template <typename T1, typename T2, typename T3>
// @param z is object derived from class MatrixBase to overwrite with sample
// @param m MAP estimate
// @param S the hessian of the NEGATIVE log-likelihood evaluated at m
// @param pars structure of type pars
// @return int 0 success, 1 failure
int cholesky_lap(Eigen::MatrixBase<T1>& z, Eigen::MatrixBase<T2>& m,
Eigen::MatrixBase<T3>& S){
int nc=z.cols();
int nr=z.rows();
Eigen::LLT<MatrixXd> hesssqrt;
hesssqrt.compute(-S);
if (hesssqrt.info() == Eigen::NumericalIssue){
Rcpp::warning("Cholesky of Hessian failed with status status Eigen::NumericalIssue");
return 1;
}
typename T1::PlainObject samp(nr, nc);
fillUnitNormal(samp);
z = hesssqrt.matrixL().solve(samp);
z.template colwise() += m;
return 0;
}
// @param z an object derived from class MatrixBase to overwrite with samples
// @param m MAP estimate (as a vector)
// @param S the hessian of the NEGATIVE log-likelihood evaluated at m
// block forms should be given as blocks row bound together, blocks
// must be square and of the same size!
// [[Rcpp::export]]
Eigen::MatrixXd LaplaceApproximation(int n_samples, Eigen::VectorXd m,
Eigen::MatrixXd S){
int p=m.rows();
MatrixXd z = MatrixXd::Zero(p, n_samples);
int status = cholesky_lap(z, m, S);
if (status==1) Rcpp::stop("decomposition failed");
return z;
}
/*** R
library(testthat)
n_samples <- 1000000
m <- 1:3
S <- diag(1:3)
S[1,2] <- S[2,1] <- -1
S <- -S # Pretending this is the negative precision matrix
# e.g., hessian of negative log likelihood
z <- LaplaceApproximation(n_samples, m, S)
expect_equal(var(t(z)), solve(-S), tolerance=0.005)
expect_equal(rowMeans(z), m, tolerance=.01)
*/
这是(key)输出:
> expect_equal(var(t(z)), solve(-S), tolerance=0.005)
Error: var(t(z)) not equal to solve(-S).
2/9 mismatches (average diff: 1)
[1] 0.998 - 2 == -1
[5] 2.003 - 1 == 1
用言语:
我正在尝试编写一个函数来执行拉普拉斯逼近。这实际上意味着从均值
m
和协方差inverse(-S)
的多元正态采样,其中S
是负对数似然的Hessian。我的代码可以很好地用于我编码的本征分解,但是由于某种原因,它与Cholesky一起失败了。 (我试图给出一个最小的可复制示例,并且由于空间没有显示本征分解)。
我现在最好的想法是发生了一些混叠问题,但是我不知道那在哪里...
先感谢您!
最佳答案
原来这是一个简单的数学错误。不是代码错误。问题是,与仅原始矩阵的cholesky的逆相比,矩阵逆的cholesky具有转置。改变中
z = hesssqrt.matrixL().solve(samp);
至
z = hesssqrt.matrixU().solve(samp);
解决了问题。