java - 从R运行jar时出现rJava NoSuchFileException

我正在尝试使用rJava包从R运行可运行的JAR文件。这个jar必须在外部文件夹中读写一些文件，这些文件与jar文件本身的路径相同，如下所示：

mypath/myjar.jar
mypath/folder1
mypath/folder2
mypath/input_file1.txt
mypath/input_file2.txt

如果我通过在“ mypath”中打开控制台并通过以下方式运行jar来调用该程序，则该程序可以正常工作：

java -jar myjar.jar input_file1.txt input_file2.txt false

但是，当我尝试使用rJava在R中运行此代码时，代码会崩溃，因为即使正确地将工作目录定义为“ mypath”，也找不到mypath / folder1和mypath / folder2。

jinit(".",force.init=TRUE) # this starts the JVM
.jaddClassPath("myjar.jar")
jobject <- .jnew("package_name/Main")  ## call the constructor

result_java <- rJava::.jcall(obj = jobject, returnSig = "V", method = "main", c("input_file1.txt","input_file2.txt","false"))

实际上，调用了Java程序，它实际上能够找到同样位于mypath中的输入文件，但是由于某种原因，当它尝试写入mypath中的文件夹（例如folder1和folder2）时，由于以下原因而崩溃：

Error executing task java.nio.file.NoSuchFileException: folder1/some_file.txt

我真的不知道发生了什么，花了几个小时。我在这里真的缺少明显的东西吗？

最佳答案

使用Java运行代码时，您在mypath内部，并且folder1和folder2位置对代码可见。

也许，您应该传递（作为参数）目录的位置，而不是访问Java代码中的folder1，而应访问显式路径。

result_java <-
   rJava::.jcall(
     obj = jobject,
     returnSig = "V",
     method = "main",
       c(
         "input_file1.txt",
         "input_file2.txt",
         "false",
         "full_path_to_your_mypath_location"))

然后，在main内，您只需打开full_path_to_your_mypath_location/some_file.txt。当您启动R时，您可能不再在代码内。您也可以尝试更改目录

setwd(full_path_to_your_mypath_location)