r - 相关矩阵建立网络

我将R中的MixOmics包用于两个矩阵(规范相关分析)，并且有一个结果相关矩阵。我想根据获得的结果建立一个相关网络。我之前曾想过使用基因组相关性分析软件包，但我不知道如何安装它，并且互联网上也没有资料来源将其安装在R中(http://www.biostat.wisc.edu/~kendzior/GSCA/)。

还可以建议我使用哪些其他软件包来构建以相关矩阵作为输入的网络？我想到了Rgraphviz，但不知道是否有可能。

最佳答案

复制此答案主要是从我以前在https://stackoverflow.com/a/7600901/567015上获得的答案中复制
qgraph包主要用于将相关矩阵可视化为网络。这会将变量绘制为节点，将相关性绘制为连接节点的边。绿色边缘表示正相关，红色边缘表示负相关。边缘越宽和越饱和，绝对相关性越强。

例如(这是帮助页面上的第一个示例)，下面的代码将绘制240个变量数据集的相关矩阵。

library("qgraph")
data(big5)
data(big5groups)
qgraph(cor(big5),minimum=0.25,cut=0.4,vsize=2,groups=big5groups,legend=TRUE,borders=FALSE)
title("Big 5 correlations",line=-2,cex.main=2)

您还可以将高度相关的节点聚在一起(使用Fruchterman-Reingold)，这可以很清晰地显示出相关矩阵的结构实际上是什么样的:

有关广泛的介绍，请查看http://www.jstatsoft.org/v48/i04/paper

关于r - 相关矩阵建立网络，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/12373821/