python - DNA序列点图

当给出两个序列时，我当前正在编写一个脚本来创建Dotplot。到目前为止，我可以获得一个可爱的lil点图。

The X axis is: >HeaderOfSeq1

X = ATCGTAGCTACGTACGT
The Y axis is: >HeaderOfSeq2

Y = ATGCGATCGTGCTAC

ATGCGATCGTGCTAC
===============|
\    \       \ |A
 \    \  \  \  |T
   \   \   \  \|C
  \ \   \ \    |G
 \    \  \  \  |T
\    \       \ |A
  \ \   \ \    |G
   \   \   \  \|C
 \    \  \  \  |T
\    \       \ |A
   \   \   \  \|C
  \ \   \ \    |G
 \    \  \  \  |T
\    \       \ |A
   \   \   \  \|C
  \ \   \ \    |G
 \    \  \  \  |T

这是一个--ascii过滤器（不过滤/表示匹配的字母），它也是脚本的一部分。没有我想要做的就是将其转换为matplotlib图。

我有点卡在这一点上，我已经从np网格化到两个具有可能的组合的数组，我希望可以很容易地重叠并返回等高线图，也许本质上显示了上面的点图，但更漂亮。 Matplot是btw，标准化及所有其他方面的要求。
由于它们的字符串格式，我无法对网状网格做任何事情（无论如何我都知道），所以我被卡住了。

任何帮助将不胜感激！！如果需要，我还将发布一些实际代码。

最佳答案

IIUC，您可以执行以下操作：

X, Y = 'ATCGTAGCTACGTACGT', 'ATGCGATCGTGCTAC'
X, Y = np.array(list(X)), np.array(list(Y))

plt.imshow(X==Y[:,None])        # the magic happens here, contourf should work similarly
plt.xticks(np.arange(len(X)), X)
plt.yticks(np.arange(len(Y)), Y)
plt.show()

输出：

关于python - DNA序列点图，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/59270964/