c++ - 如何与Rcpp一起使用OpenBlas Lapacke

我有一些使用Lapacke附带的OpenBlas版本运行的c++代码。我想将此代码包含在R包中，并使用Rcpp包在该函数和R之间传输数据。但是两者似乎不喜欢彼此。一旦我在一个源文件中添加了#include <lapacke.h>和#include <Rcpp.h>，它就不再编译了。两者都可以正常工作。据我所知，有一堆错误消息，Rcpp已损坏(例如/home/Alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include/Rcpp/traits/traits.h:32:15: error: expected ‘)’ before ‘__extension__’)。

我不知道为什么会这样。有没有办法同时使用两者？
还是我应该做一些完全不同的事情？

这是一个给出错误的最小示例:

我使用创建了一个包

Rcpp::Rcpp.package.skeleton("LT", example_code = FALSE)

我向包含以下内容的.cpp中添加了一个/src文件:

#include <lapacke.h>
#include <Rcpp.h>

int test_LAPACK(){
  return(1);
}

我在包含以下内容的/src中添加了Makvars文件:

PKG_CXXFLAGS = -I/opt/OpenBLAS/include
PKG_LIBS =  -L/opt/OpenBLAS/lib -lopenblas -lpthread -lgfortran
CXX_STD = CXX11

编译并安装

Rcpp::compileAttributes("LT")
devtools::install("LT")

最佳答案

只要我还更改了包含顺序，它就可以按照标准的sudo apt install liblapacke-dev在我的系统上正常工作。

证人:

资源

rob:/tmp/lapacke/LT$ cat src/lt.cpp
#include <Rcpp.h>
#include <lapacke.h>

int test_LAPACK(){
          return(1);
}
rob:/tmp/lapacke/LT$ ls src/      ## no Makevars needed
lt.cpp
rob:/tmp/lapacke/LT$

建立

rob:/tmp/lapacke/LT$ build.r
* checking for file ‘./DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘LT’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* cleaning src
* installing the package to process help pages
* saving partial Rd database
* cleaning src
* checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
* checking for empty or unneeded directories
Removed empty directory ‘LT/R’
* building ‘LT_1.0.tar.gz’

rob:/tmp/lapacke/LT$

安装

rob:/tmp/lapacke/LT$ install.r LT_1.0.tar.gz
* installing *source* package ‘LT’ ...
** libs
ccache g++ -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe   -march=native -c lt.cpp -o lt.o
ccache g++ -Wl,-S -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o LT.so lt.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/LT/libs
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (LT)
rob:/tmp/lapacke/LT$

跑

(在我添加一行// [[Rcpp::export]]，运行compileAtttributes()并重建并安装之后。)

rob:/tmp/lapacke/LT$ r -lLT -p -e'test_LAPACK()'
[1] 1
rob:/tmp/lapacke/LT$

概要

检查您的编译器。没有根本原因不可行，并且在这里可行(Ubuntu 18.04)。

关于c++ - 如何与Rcpp一起使用OpenBlas Lapacke，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/53241120/

RCPP

c++ - 如何与Rcpp一起使用OpenBlas Lapacke