python - 如何将SBML公式转换为程序代码？

我是sbml的新手，我真的很困惑。

我想用Runge Kutta解决一个ODE。 ODE存储在SBML文件中。
该文件的一部分如下所示

<listOfReactions>
  <reaction id="growth_P" reversible="false" fast="false">
    <listOfReactants>
      <speciesReference species="P" constant="false"/>
    </listOfReactants>
    <listOfProducts>
      <speciesReference species="P" constant="false"/>
    </listOfProducts>
    <kineticLaw>
      <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
        <apply>
          <times/>
          <ci> Rp </ci>
          <ci> P </ci>
        </apply>
      </math>
      <listOfLocalParameters>
        <localParameter id="Rp" value="1" units="per_second"/>
      </listOfLocalParameters>
    </kineticLaw>
  </reaction>
....
</listOfReactions>

这应该描述反应dP / dt = Rp * P

这就是我的问题。我不知道如何将sbml公式转换为程序可以处理的公式(python / C++，无论如何)

所以最好的选择是像

Product = evaluate_sbml_formula(formula,value_of_reactant)

我阅读了sbml文档，但没有找到。

有什么建议吗？
谢谢

最佳答案

如果没有看到整个SBML文件，就很难构造一组要解决的ODE。在我的python类(class)(1)中，我使用libSBML(可作为pypi / anaconda软件包提供)来使用python解决SBML文件。这是指向将SBML转换为ODE并随后通过scipy解决的文件的链接:

https://www.dropbox.com/s/2bfpiausejp0gd0/convert_reactions.py?dl=0

我希望有帮助