新手在这里!
我正在尝试通过FASTA搜索特定的DNA序列,但始终收到语法错误。 if语句在for循环外运行,所以我认为这是我将它们放入其中的方式,任何人都可以在这里看到语法错误,但无法解决:

#!/bin/python

#My Mimp_finder

import re

from Bio import SeqIO


for seq in SeqIO.parse("Focub_mimp12rm_Chang_mimps.faa", "fasta"):
    print(seq.id)
    print(len(seq)
    if re.search(r"CAGTGGG..GCAA[TA]AA", seq):
        result_start = re.search(r"CAGTGGG..GCAA[TA]AA", seq)
        match_1_start = result_start.start()
    elif re.search(r"TT[TA]TTGC..CCCACTG", seq):
        result_end = re.search(r"TT[TA]TTGC..CCCACTG", seq)
        match_2_end = result_end.end()

        mimp_lenth = match_2_end - match_1_start

    print('---------------------------\n\n')
    if mimp_lenth < 400 :
    print('Mimp found at postion ' + str(match_1_start) + ' and ' + str(match_2_end) + ' in the sequence: \n\n' + seq + '. \n\nThe $
    print('\n\n---------------------------\n\n')
回:
File "./My_mimp_finder.py", line 16
    if re.search(r"CAGTGGG..GCAA[TA]AA", seq):
                                             ^
SyntaxError: invalid syntax
Python版本3.8.3

最佳答案

第二个打印语句中缺少括号

print(len(seq)
应该
print(len(seq))

10-05 21:19
查看更多