linux - 在Linux中重定向vcftools文件-提示

下面的代码使用tabix从特定区域获取VCF文件，然后使用vcftools中的“keep”选项为特定（欧洲）人口筛选该文件。

####select specific population
if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
    vcftools --vcf temp.vcf --keep $POP_FILE --recode --recode-INFO-all > temp2.vcf 2> /dev/null
else
    cp -f temp.vcf temp2.vcf
fi

问题：它创建recode.vcf文件，但由于temp2文件为空，因此重定向不会发生

最佳答案

我会避免使用vcftools，而是使用bcftools（https://github.com/samtools/bcftools）：

if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
  bcftools view temp.vcf -S $POP_FILE -o temp2.vcf
else
  cp -f temp.vcf temp2.vcf
fi

要安装bcftools：

git clone --branch=develop git://github.com/samtools/bcftools.git
git clone --branch=develop git://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib && make && cd ..
cd bcftools && make && cd ..
sudo cp bcftools/bcftools /usr/local/bin/

关于linux - 在Linux中重定向vcftools文件-提示，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/26150577/