r - 在PCA图上测试聚类的显着性

是否可以测试PCA图上两个已知组之间聚类的重要性？为了测试它们之间的接近程度或散布量（方差）以及簇之间的重叠量等。

最佳答案

您可以使用PERMANOVA按组划分欧几里德距离：

data(iris)
require(vegan)

# PCA
iris_c <- scale(iris[ ,1:4])
pca <- rda(iris_c)

# plot
plot(pca, type = 'n', display = 'sites')
cols <- c('red', 'blue', 'green')
points(pca, display='sites', col = cols[iris$Species], pch = 16)
ordihull(pca, groups=iris$Species)
ordispider(pca, groups = iris$Species, label = TRUE)

# PerMANOVA - partitioning the euclidean distance matrix by species
adonis(iris_c ~ Species, data = iris, method='eu')

关于r - 在PCA图上测试聚类的显着性，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/20260434/