r - 将 pvclust R 函数应用于预先计算的 dist 对象

我正在使用 R 来执行层次聚类。作为第一种方法，我使用 hclust 并执行以下步骤:

我导入了距离矩阵

我使用 as.dist 函数将其转换为 dist 对象

我在 hclust 对象

上运行 dist
这是R代码:

distm <- read.csv("distMatrix.csv")
d <- as.dist(distm)
hclust(d, "ward")

在这一点上，我想对函数 pvclust 做一些类似的事情；但是，我不能，因为不可能传递预先计算的 dist 对象。考虑到我使用的距离在 R 的 dist 函数提供的距离中不可用，我该如何继续？

最佳答案

我不清楚您是否只有距离矩阵，或者您事先计算过它。在前一种情况下，正如@Vincent 已经建议的那样，调整 pvclust 本身的 R 代码并不太难(使用 fix() 或其他什么；我提供了一些关于 another question on CrossValidated 的提示)。在后一种情况下，pvclust 的作者提供了关于如何使用自定义距离函数的 example，尽管这意味着您必须安装他们的“非官方版本”。

关于r - 将 pvclust R 函数应用于预先计算的 dist 对象，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/8924488/