我正在尝试使用fread将基因组比对读取到R中的data.table中。这是比对文件的快照:
USI-EAS28:1:100:1786:674#0/1 + 1_maternal 68326824 CTCAATTATACTGAAAGAAACACAATATATCATA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0
USI-EAS28:1:100:1786:940#0/1 + 16_maternal 11407541 CTATTAGTGACCTGCTGTGGGACCTTGGGATGGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0
USI-EAS28:1:100:1786:705#0/1 + 1_maternal 63849584 CTGAGGGTTTGTGTCAGGAAGGGGTGTGGAATTG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 0:T>C
USI-EAS28:1:100:1786:1168#0/1 - 5_maternal 31381649 GCATCATTCATGAAACAATTTTCAAGAGAGGAAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0
USI-EAS28:1:100:1787:582#0/1 + 10_maternal 54587781 CTACAATAATAATAGGGGACTAAAACACCCCACT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0
USI-EAS28:1:100:1787:62#0/1 + 10_maternal 70390747 CTATTTGCTACTGAATTGTTAATTTTAAAACAGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0
USI-EAS28:1:100:1788:573#0/1 - 7_maternal 92583837 CACTGTCAACATTAGACAGACCAATGAGACAAAG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0
USI-EAS28:1:100:1788:854#0/1 + 7_maternal 129611206 GTTTGTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCATTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 32:C>T
USI-EAS28:1:100:1788:185#0/1 - 13_maternal 23694307 CAAACAAACTCAAAATGGACTATCGACTGAAAAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0
USI-EAS28:1:100:1788:1339#0/1 - 13_maternal 33699510 TTAACTCTAGTTTTTAGGGATTGCAAATTAGACG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 0:A>G
第二列报告读取对齐的链(
+为正向，-为反向)。不幸的是，fread试图将该列读取为整数，并将值始终分配为0。为此，该列应读取为字符，甚至是 bool 值。尝试使用sep和sep2参数没有帮助。 最佳答案
感谢您的举报。现在已在v1.8.9修订版849中修复。+和-现在被视为字符，已添加测试。
顺便说一句，我们还打算添加colClasses，以便您可以覆盖fread检测到的列类型。与fread相关的待办事项 list 在此处是源文件的顶部:
https://r-forge.r-project.org/scm/viewvc.php/pkg/src/fread.c?view=markup&root=datatable
关于读取带有fread，data.table包的链(+，-)列，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/15388714/