php - 使用有限的内存处理来自mysql的大型结果集

我有一个大型数据库，其中包含1500个人的实验结果。每个人都有96个数据点。我编写了以下脚本来汇总然后格式化数据，以便分析软件可以使用它。起初一切都很好，直到我有500多人。现在我的内存不足了。

我想知道现在是否有人建议在不牺牲速度的情况下克服内存限制问题。

这就是表在数据库中的外观

fishId assayId等位基因1等位基因2

14_1_1 1 A T

14_1_1 2 A A

$mysql = new PDO('mysql:host=localhost; dbname=aquatech_DB', $db_user, $db_pass);
$query = $mysql->prepare("SELECT genotyped.fishid, genotyped.assayid, genotyped.allele1, genotyped.allele2, fishId.sex, " .
"fishId.role FROM `fishId` INNER JOIN genotyped ON genotyped.fishid=fishId.catId WHERE fishId.projectid=:project");
$query->bindParam(':project', $project, PDO::PARAM_INT);
$query->execute();

这就是对数据库的调用。它从两个表中加入信息以构建我需要的文件。

 if(!$query){
    $error = $query->errorInfo();
    print_r($error);
} else {
    $data = array();
    $rows = array();
    if($results = $query->fetchAll()){
        foreach($results as $row)
        {
            $rows[] = $row[0];
            $role[$row[0]] = $row[5];
            $data[$row[0]][$row[1]]['alelleY'] = $row[2];
            $data[$row[0]][$row[1]]['alelleX'] = $row[3];
        }
        $rows = array_unique($rows);
        foreach($rows as $ids)
        {
            $col2 = $role[$ids];
            $alelleX = $alelleY = $content = "";
            foreach($snp as $loci)
            {
                $alelleY = convertAllele($data[$ids][$loci]['alelleY']);
                $alelleX = convertAllele($data[$ids][$loci]['alelleX']);
                $content .= "$alelleY\t$alelleX\t";
            }
            $body .= "$ids\t$col2\t" . substr($content, 0, -1) . "\n";

这将解析数据。在文件中，我需要每个人只有一行，而不是每个人只有96行，这就是为什么必须格式化数据的原因。在脚本的最后，我只是将$ body写入文件。

我需要输出文件是

FishId分析1分析2

14_1_1 A T A A

$location = "results/" . "$filename" . "_result.txt";
$fh = fopen("$location", 'w') or die ("Could not create destination file");
if(fwrite($fh, $body))

最佳答案

与其使用fetchAll（）将数据库查询的整个结果读取到一个变量中，不如逐行读取它：

while($row = $query->fetch()) { ... }

关于php - 使用有限的内存处理来自mysql的大型结果集，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/44047916/