regex - sed查找并替换fastq正则表达式

我有一个文件，比如

head testSed.fastq
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15800:1330 1:N:0:NGTCACTN+TATCCTCTCTTGAAGA
NGTCACTN
+
#>AAAAF#
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15605:1331 1:N:0:NATCAGCN+TAGATCGCCAAGTTAA
NATCAGCN
+
#>>AA?C#
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15557:1332 1:N:0:NCAGCAGN+TATCTTCTATAAATAT
NCAGCAGN

我正试图用正则表达式将最后一个冒号后面的字符串替换为0（在本例中是第1、5、9行，但是是全局的）。
我已经使用egrepegrep '[ATGCN]{8}\+[ATGCN]{16}$' testSed.fastq检查了regex，它返回了我期望的所有行。
但是，当我尝试使用sed -i 's/[ATGCN]{8}\+[ATGCN]{16}$/0/g' testSed.fastq时，原始文件没有改变，不会发生替换。
我该怎么解决？我的正则表达式不够具体吗？

最佳答案

您的regex的结构是一个ERE而不是BRE，这是sed的默认解释。并非所有sed实现都支持ERE，但您可以在您的环境中检查man sed以确定它是否适合您。查找-r或-E选项。可以通过在花括号前面加反斜杠来交替使用边界。
也就是说，与其匹配最后一个字段中的精确文本，不如只查找以冒号开头、后面没有冒号的字符串？下面的RE是BRE和ERE兼容的。

$ sed '/^@/s/:[^:]*$/:0/' testq
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15800:1330 1:N:0:0
NGTCACTN
+
#>AAAAF#
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15605:1331 1:N:0:0
NATCAGCN
+
#>>AA?C#
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15557:1332 1:N:0:0
NCAGCAGN

关于regex - sed查找并替换fastq正则表达式，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/46915728/