python - 使用h5py读取HDF5时出错

我已经按照以下图像（HDF5格式）中所述的格式保存了数据集。因此，我有不同的组，即4、2、40等，对于每个组，我有2个数据集Annotation和Features。我已经使用代码成功保存了它们，但是无法将它们重新加载。

奇怪的是，仅当我尝试读取Annotation时才会发生错误。当我尝试阅读Features时，阅读效果很好。

我正在使用以下代码：

dataSet = np.array([])
annotation = np.array([])
hdf5Object = readHDF5File('abc.hdf5','r')
w = 2
myGroup = hdf5Object[str(w)]

dataSet = np.array(myGroup['Features'])
annotation = np.array(myGroup['Annotation'])

请赐教于此，因为我为此付出了很多努力。谢谢。



编辑1

阅读Annotation时出现以下错误

Traceback (most recent call last):
  File "xyz.py", line 76, in getAllData
    annotation = np.array(myGroup['Annotation'])
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/group.py", line 153, in __getitem__
    oid = h5o.open(self.id, self._e(name), lapl=self._lapl)
  File "h5o.pyx", line 173, in h5py.h5o.open (h5py/h5o.c:3403)
KeyError: "unable to open object (Symbol table: Can't open object)"

编辑2

因此hdf5文件分两步形成，第一步Features计算如下：

features = <numpy array of thousand rows and 100 columns contains only floating numbers>
w = 2
f = h5py.File('abc.hdf5', 'a')
myGroup = f[str(w)]
myGroup.create_dataset('Features', data=features)

对于不同的w文件，附加文件并在不同时间计算特征。

对于注释，使用相同类型的过程。 Annotation也仅包含浮点。

编辑3

下图是一个Annotation的Features和w中的数据内容。左窗口是Annotation，右窗口是Features。

最佳答案

我只是发现我尝试访问数据集的方式是使用string，并且在保存数据集名称时以某种方式将其保存在unicode或utf-8下。因此，当我将数据集名称转换为utf-8时，效果很好。

我如何弄清楚它的数据类型

    myGroup = hdf5Object[str(w)]
    childsIter = myGroup.iterkeys()
    for child in childsIter:
        print type(child)

这给了我一个线索，即我的数据集键的数据类型是unicode而不是字符串。因此，我将字符串转换为unicode，如下所示：

key = unicode('Annotation', "utf-8")
dS = np.array(myGroup[key])

要么

myGroup = hdf5Object[str(w)]
childsIter = myGroup.iterkeys()
for child in childsIter:
    dS = np.array(myGroup[child])

关于python - 使用h5py读取HDF5时出错，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/34594452/