我正在使用for循环使用knitr和rmarkdown在一个块中跨多个页面创建多个大图形。它对于word和html输出效果很好,但是在pdf输出中存在一个问题。
这是重现我的问题的最小RMarkdown示例。
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title: "Knitr test"
date: "6 April 2015"
output: pdf_document
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```{r, echo=FALSE, fig.width=6.5,fig.height=10}
library(ggplot2)
for (i in seq(1, 4)){
p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()
print(p)
}
```
生成的pdf文件如下所示。页面上打印了两个数字。
如果更改fig.height,请在rmd文件中添加几部分,两个数字仍以不同的排列方式打印在同一页上。
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title: "Knitr test"
output: pdf_document
date: "6 April 2015"
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## Section A
Row B
```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=8, fig.width=6.5}
library(ggplot2)
for (i in seq(1, 4))
{
p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()
print(p)
}
```
感谢您提出任何解决此问题的建议。
我正在使用RStudio 0.99.375。这是我的会话信息。
sessionInfo()
R version 3.1.3 (2015-03-09)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=English_Australia.1252 LC_CTYPE=English_Australia.1252
[3] LC_MONETARY=English_Australia.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_Australia.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] rmarkdown_0.5.3.1 knitr_1.9.5
loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.2-5 digest_0.6.8 evaluate_0.5.5 formatR_1.0
[5] ggplot2_1.0.0 grid_3.1.3 gtable_0.1.2 htmltools_0.2.6
[9] MASS_7.3-34 munsell_0.4.2 plyr_1.8.1 proto_0.3-10
[13] Rcpp_0.11.5 reshape2_1.4.1 scales_0.2.4 stringr_0.6.2
[17] tcltk_3.1.3 tools_3.1.3 yaml_2.1.13
最佳答案
我已经解决了我的问题。
在生成的tex文件中,每个图形之后没有新行。我们使用上面的rmd文件生成了这个tex代码:
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-1.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-2.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-3.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-4.pdf}
解决方案是在每个周期之后添加新行以打印图形。
cat('\r\n\r\n')
不知道为什么我在这里需要两个“ \ r \ n”。生成的tex文件如下所示:
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-1.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-2.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-3.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-4.pdf}
这是我的Rmd文件的完整示例
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title: "Knitr test"
output:
pdf_document:
keep_tex: yes
date: "6 April 2015"
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## Section A
Row B
```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=8, fig.width=6.5}
library(ggplot2)
library(grid)
for (i in seq(1, 4))
{
grid.newpage()
p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()
print(p)
cat('\r\n\r\n')
}
```