r - 无法使用opencpu从sqlite数据库中获取结果

我有一个相对简单的功能，可以从sqlite数据库中提取一些数据:

library(RSQLite)
db.select <- function(table="mydata", vars, rows=c()) {
  vars <- paste(unlist(vars), collapse=", ")
  q <- paste("SELECT ", vars, " FROM ", table, sep="")

  if (length(rows) > 0) {
    rows <- paste(as.character(rows), collapse=", ")
    q <- paste(q, " WHERE row in (", rows, ")", sep="")
 }

  con <- DBI::dbConnect(RSQLite::SQLite(), "/abs/path/to.db")
  res <- DBI::dbSendQuery(con, q)
  data <- DBI::dbFetch(res)
  DBI::dbClearResult(res)
  DBI::dbDisconnect(con)
  data
}

当我在R(或RStudio)中运行此代码时，对我来说效果很好:

> db.select(vars = c("gc_content"), rows=c(1:5))
   gc_content
1       44.30
2       41.22
3       48.51
4       60.83
5       45.21

但是，使用opencpu使用此函数检索任何数据根本没有成功:

$ curl http://localhost/ocpu/user/bertjan/library/RParcoords/R/db.select/json -H "Content-Type: application/json" -d '{"vars":["gc_content"]}'
RS-DBI driver: (could not connect to dbname:
unable to open database file
)

In call:
sqliteNewConnection(drv, ...)

我仔细检查了文件是否存在，检查了它的权限，设置了所有文件的读/写权限，但没有任何运气。任何输入将不胜感激。

编辑1:
尝试将@Jeroen建议的对apparmor配置的更改无济于事。不过，将以下行添加到自定义文件中确实有所帮助:

/full/path/to/db rw,

但是，这只会帮助我现在得到错误:

RS-DBI驱动程序:(语句错误:数据库已锁定)

通话中:
sqliteExecStatement(conn，statement，...)

这很奇怪，因为当我在RStudio中执行完全相同的代码(具有相同的数据库文件)时，我没有收到此错误。

编辑2:如Hadley Wickham(https://twitter.com/hadleywickham/status/526739851974955008)所建议，我使用dbGetQuery简化了该函数:

db.select <- function(table="mydata", vars, rows=c()) {
  vars <- paste(unlist(vars), collapse=", ")
  q <- paste("SELECT ", vars, " FROM ", table, sep="")

  if (length(rows) > 0) {
    rows <- paste(as.character(rows), collapse=", ")
    q <- paste(q, " WHERE row in (", rows, ")", sep="")
  }

  con <- DBI::dbConnect(RSQLite::SQLite(), "/home/bertjan/cstr.db")
  data <- DBI::dbGetQuery(con, q)
  DBI::dbDisconnect(con)
  data
}

仍然没有任何作用，因为我得到了完全相同的行为(在R Studio中运行，在发出curl命令时给出了数据库锁定消息)。

编辑3:实际上，它仍然似乎是AppArmor的问题。我得到:

Oct 27 15:50:52 Stef kernel: [899068.612784] type=1400 audit(1414421452.965:232): apparmor="DENIED" operation="file_lock" profile="opencpu-exec" name="/path/to/db" pid=9708 comm="apache2" requested_mask="k" denied_mask="k" fsuid=33 ouid=1000

解决方案:终于找到了。最终似乎只是一个纯粹的AppArmor问题。我不得不改变:

/full/path/to/db rw,

至

/full/path/to/db rwk,

(请注意k)以便允许文件锁定。

最佳答案

这可能是安全限制。参见this post on the mailing list。另请参阅the pdf manual的3.5节。要调试，请看一下:

tail -f /var/log/kern.log

当您尝试使用您的应用程序时。。我认为

#include <abstractions/mysql>

到/etc/apparmor.d/opencpu/custom配置文件应该可以解决问题。

关于r - 无法使用opencpu从sqlite数据库中获取结果，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/26548921/