我们有一个用Java编写的map reduce代码，它读取多个小文件(例如10k +)，将其转换为驱动程序中的单个avro文件，reduce将一堆简化的记录插入到postgres数据库中。此过程每小时发生一次。但是，有多个map reduce作业同时运行，处理不同的avro文件并为每个作业打开不同的数据库连接。因此有时(非常随机)发生所有任务都停留在 reducer 阶段的情况，但以下情况异常(exception):
"C2 CompilerThread0" daemon prio=10 tid=0x00007f78701ae000 nid=0x6db5 waiting on condition [0x0000000000000000]
java.lang.Thread.State: RUNNABLE
"Signal Dispatcher" daemon prio=10 tid=0x00007f78701ab800 nid=0x6db4 waiting on condition [0x0000000000000000]
java.lang.Thread.State: RUNNABLE
"Surrogate Locker Thread (Concurrent GC)" daemon prio=10 tid=0x00007f78701a1800 nid=0x6db3 waiting on condition [0x0000000000000000]
java.lang.Thread.State: RUNNABLE
"Finalizer" daemon prio=10 tid=0x00007f787018a800 nid=0x6db2 in Object.wait() [0x00007f7847941000]
java.lang.Thread.State: WAITING (on object monitor)
at java.lang.Object.wait(Native Method)
- waiting on <0x00000006e5d34418> (a java.lang.ref.ReferenceQueue$Lock)
at java.lang.ref.ReferenceQueue.remove(ReferenceQueue.java:135)
- locked <0x00000006e5d34418> (a java.lang.ref.ReferenceQueue$Lock)
at java.lang.ref.ReferenceQueue.remove(ReferenceQueue.java:151)
at java.lang.ref.Finalizer$FinalizerThread.run(Finalizer.java:189)
"Reference Handler" daemon prio=10 tid=0x00007f7870181000 nid=0x6db1 in Object.wait() [0x00007f7847a42000]
java.lang.Thread.State: WAITING (on object monitor)
at java.lang.Object.wait(Native Method)
- waiting on <0x00000006e5d32b50> (a java.lang.ref.Reference$Lock)
at java.lang.Object.wait(Object.java:503)
at java.lang.ref.Reference$ReferenceHandler.run(Reference.java:133)
- locked <0x00000006e5d32b50> (a java.lang.ref.Reference$Lock)
"main" prio=10 tid=0x00007f7870013800 nid=0x6da1 runnable [0x00007f7877a7b000]
java.lang.Thread.State: RUNNABLE
at java.net.SocketInputStream.socketRead0(Native Method)
at java.net.SocketInputStream.read(SocketInputStream.java:152)
at java.net.SocketInputStream.read(SocketInputStream.java:122)
at org.postgresql.core.VisibleBufferedInputStream.readMore(VisibleBufferedInputStream.java:143)
at org.postgresql.core.VisibleBufferedInputStream.ensureBytes(VisibleBufferedInputStream.java:112)
at org.postgresql.core.VisibleBufferedInputStream.read(VisibleBufferedInputStream.java:71)
at org.postgresql.core.PGStream.ReceiveChar(PGStream.java:269)
at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.processResults(QueryExecutorImpl.java:1700)
at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.execute(QueryExecutorImpl.java:255)
- locked <0x00000006e5d34520> (a org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl)
at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.execute(AbstractJdbc2Statement.java:555)
at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.executeWithFlags(AbstractJdbc2Statement.java:417)
at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.executeQuery(AbstractJdbc2Statement.java:302)
at ComputeReducer.setup(ComputeReducer.java:299)
at org.apache.hadoop.mapreduce.Reducer.run(Reducer.java:162)
at org.apache.hadoop.mapred.ReduceTask.runNewReducer(ReduceTask.java:610)
at org.apache.hadoop.mapred.ReduceTask.run(ReduceTask.java:444)
at org.apache.hadoop.mapred.Child$4.run(Child.java:268)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:415)
at org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation.doAs(UserGroupInformation.java:1438)
at org.apache.hadoop.mapred.Child.main(Child.java:262)
"VM Thread" prio=10 tid=0x00007f787017e800 nid=0x6db0 runnable
"Gang worker#0 (Parallel GC Threads)" prio=10 tid=0x00007f7870024800 nid=0x6da2 runnable
"Gang worker#1 (Parallel GC Threads)" prio=10 tid=0x00007f7870026800 nid=0x6da3 runnable
发生此异常后，我们必须重新启动数据库，否则所有的reduce作业都会闲置约70％，甚至下一小时的作业也无法运行。最初，它用于耗尽打开的连接数，但在将连接数增加到相当高的数量后，情况并非如此。我应该指出我不是数据库专家，因此请提出可能会有所帮助的任何配置更改。只是为了确认这似乎是数据库配置问题？如果是，那么在postgres上配置连接池是否可以解决此问题？
任何帮助/建议都非常感谢!提前致谢。
最佳答案
我最初的想法是，如果它是随机的，则可能是一个锁。有两个要查找锁的区域:
共享资源上的线程之间锁和数据库对象上的锁。
我没有在堆栈跟踪中看到任何迹象表明这是数据库锁定问题，但这可能是由于未关闭事务导致的，因此您没有死锁，但正在等待插入。
您更有可能在Java代码中陷入僵局，也许两个等待线程正在彼此等待？