来自斯坦福大学的一个生物工程师小组开发了一种具有独特和专门功能的新算法。该算法被设计用来比较不同物种的细胞。无论哪个物种,该算法都能识别相似的细胞类型,并可用于包括鱼、小鼠、扁形虫和海绵等进化了数百万年的生物。
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新算法的目标是帮助科学家填补人类对进化的理解上的空白。比较不同物种的细胞有助于生物学家了解细胞类型是如何产生的,以及它们如何适应不同种类生命的功能。进化生物学家近年来一直试图利用技术,使其有可能对整个生物体的所有细胞进行排序和识别。
科学家们正在寻求对各种生物体中的所有类型的细胞进行分类。斯坦福大学生物工程副教授王波和他的团队开发了这种算法,将类似的细胞类型跨越进化的距离联系起来。在研究中,该团队使用7个不同的物种来比较21个配对,并能够确定所有物种中存在的细胞类型以及它们的相似性和差异。
该项目的首席研究员是Alexander Tarashansky,他说该算法的想法来自王教授,当时他被要求分析实验室正在研究的两种不同蠕虫的细胞类型数据集。Tarashansky说他被这两种蠕虫之间的差异 "震惊了",虽然团队认为它们应该是相似的细胞类型,但用于研究它们的标准技术并不能识别它们是相似的。
这个问题导致了一个算法的开发,以更好地匹配不同物种的细胞类型。新的算法不是寻找一对一的基因匹配,这是以前数据匹配的工作方式,而是可以将海绵中的一个基因与所有潜在的相应人类基因相匹配,并确定正确的基因。新算法将使研究人员能够收集各种物种的数据进行分析。随着时间的推移,生物学家识别不同生物体内细胞类型的轨迹的能力将得到提高。