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MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR)，EST序列或是基因组序列都可以。另外，还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具，通过这个工具，可以把MISA识别出来的SSR，转为Primer3需要的格式，从而方便批量设计引物。
网址：http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/
下面分别介绍一下几个工具(.pl是perl文件的后缀名)：
1. CD_HIT_EST 对EST序列进行冗余查找，利用CD_HIT软件聚类，快速批量去除冗余序列
2.est_trimmer.pl
这是对EST序列而言的，可以去除EST序列中短的序列和两端不明确的碱基。
用法（例子）：perl est_trimmer.pl ESTs -amb=2,50 -tr5=T,5,50 -tr3=A,5,50 -cut=100,10000
3.misa.pl
用法：perl misa.pl <FastaFile> (注:<>要去掉。下同)
FastaFile是放序列的一个文件名，全路径，注意不要有中文名或空格。Fasta格式。
另外配套一起的还有一个文件misa.ini，这是一个配置文件，设置识别SSR标记的标准。
4.Primer3 的接口工具
p3_in.pl - 创建 Primer3的输入文件。
用法：perl p3_in.pl <FASTAfile.misa>
p3_out.pl - 解析Primer3设计引物后的输出文件。
用法：p3_out.pl <FASTAfile.p3out> <FASTAfile.misa>
注：FASTAfile.misa文件是MISA的输出文件
FASTAfile.p3out是primer3的输出文件