扩增子分析QIIME2-3数据导出Exporting data

# 激活工作环境

source activate qiime2-2017.8

# 建立工作目录

mkdir -p qiime2-exporting-tutorial

cd qiime2-exporting-tutorial

导出Feature/OTU表

wget -O feature-table.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/feature-table.qza

qiime tools export \

  feature-table.qza \

  --output-dir exported-feature-table

# 查看结果文件信息

ls -l exported-feature-table/feature-table.biom

导出的biom文件位于exported-feature-table文件夹中，名为feature-table.biom，可用biom程序对文件进行格式转换和分析

导出进化树

wget -O unrooted-tree.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/unrooted-tree.qza

qiime tools export \

  unrooted-tree.qza \

  --output-dir exported-tree

less exported-tree/tree.nwk

导出文件为exported-tree/tree.nwk，是标准树nwk文件

导出与提取

提取包括所有的信息文件，如下例中的feature表文件，结果即包括feature表，又包括生成此文件的相关软件版本信息，还有生成此文件所有步骤的文件说明。

mkdir extracted-feature-table

qiime tools extract \

  feature-table.qza \

  --output-dir extracted-feature-table