前言：
本篇文章的出发点是因为之前接触过相关研究，困囧于该系列资料匮乏，想做一个系列。个人道行太浅，不足之处还请见谅。愿与诸君共勉。
数据准备：
MODIS数据产品MOD13Q1—以2010年河南省3、4、5三个月为例：
一、MRT单次数据操作
（1）.进入GUI界面操作
1.将所需处理的一个.hdf原始数据加载进来
2.通过左右选项选择所需波段（MOD13Q1已将NDVI提供,只需保留选择就行）
（若用的数据比如MOD12Q1计算NDVI,则Modis算法如公式:NDVI=(Band2-Band1)/(Band2+Band1)。那么就需要将Band2和Band1波段提取出来）
3.Spatial Subset（空间子集）：选择Input Lat/Long (输入纬度/经度)
input line/sample (输入行/样本)
output projection (X/Y输出投影X / Y)
4和5在一起
4.选择文件保存路径：
5.输出数据类型： 如我保存的路径（必须同原始数据也就是.hdf在同一文件夹下）就是F:\MODIS\.tif (注意，直接在MODIS文件夹后加\.tif就行。生成的.tif文件名直接等同于在同一个文件夹下.hdf文件同名（建议相同操作，通常数据多，命名易辨且重要）)
6.输出文件类型：GEOTIFF（我们要的就是.tif数据文件）
7.Resampling（重采样类型）:选择Nearest Neighbor(最近领域)
8.Output Projection type(输出投影类型)：选择原则是下载的MODIS数据（.hdf）是什么投影就选什么投影（百度）
本文选用MOD13Q1，应当采用Sinusoidal投影方式。但大部分研究选用的都是Albers Equal Area。终究道行太浅，本文也不能免俗。
9.Edit Projection Parameters(编辑主动参数):
上图的一些参数STDPR1和2不太清楚,参考同是研究区为河南省的研究输入的
centmer为中央经线（研究区中央经线）
大方框里的可以什么都不输入，默认就行。但WGS84一定要选，点击ok
10.Output Pixel Size(输出像素大小):像素范围越小，精度越高。但输出的.tif文件就越大，会达到1-2个G。选择建议：看自己选择的MODIS产品是什么像素范围。
11.点击Run即可
二、MRT多批次数据操作（重点）
注意：无论你有多少期数据。在进行多批量处理时。用到MRT文件时只输如一个.hdr文件。不用担心，之所以输入一个.hdr文件，是因为在进行多批量处理时,用到MRT工具只是通过一个.hdr文件来建立一个.prm文件作为模板。用CMD来批处理
(1).MRT战场
1-10同上文一致（只输入一个.hdr文件）
11.点击SaveParameter File
在文件夹内将会出现.prm文件。那么接下来咱们转移战场。将MAT给Exit关掉
（2）CMD战场
以下所提及的功能都可以在MRT批量进行，通过基于Dos系统的批处理脚本（后缀.bat）来实现。将待处理的MODIS数据（.hdf）、MRT参数设置文件（.prm）、批处理脚本（.bat）放置在一个文件夹中。运行.bat后，系统就会根据脚本的命令批量执行MRT中的各个功能，从而实现将.hdf文件按设置转换为.tif文件
1.F:\MODIS\.tif 文件路径下就生成了.prm文件
2.用Notepad++打开或记事本打开MOD13Q1NDVI.prm
INPUT_FILENAME = F:\MODIS\MOD13Q1.A2010049.h26v05.006.2015200022349.hdf SPECTRAL_SUBSET = ( 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ) //该MODIS数据产品有12个波段1代表选，0代表不选该波段 SPATIAL_SUBSET_TYPE = INPUT_LAT_LONG SPATIAL_SUBSET_UL_CORNER = ( 39.999999996 104.432583132 )
SPATIAL_SUBSET_LR_CORNER = ( 29.999999997 103.923048442 ) OUTPUT_FILENAME = F:\MODIS\.tif //输出路径(F:\MODIS\.tif) 以及输出的数据类型(. tif) RESAMPLING_TYPE = NEAREST_NEIGHBOR //重采样类型选择最邻近法 OUTPUT_PROJECTION_TYPE = AEA //输出投影类型选择墨卡托(AEA) OUTPUT_PROJECTION_PARAMETERS = (
0.0 0.0 25.0
47.0 105.0 0.0
0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 ) //输出投影参数建议为默认 DATUM = WGS84 //基准面为WCG84. UTM_ZONE = 49 //平面投影为49N OUTPUT_PIXEL_SIZE = 250 //像元大小为500*500
生成好后的.prm可以通过Notepad++或记事本查看，不动
3.通过Notepad++或记事本另存为一个modis.bat文件（.hdr .tif .bat .prm文件都是在同一个文件夹下）
modis.bat文件代码如下
set MRT_DATA_DIR=C:\MRT\data for %%i in (*.hdf) do resample -p MOD13Q1NDVI.prm -i %%i -o %%iout.tif pause
第1行：MODIS批量重投影脚本代码参考上图，使用时需要设置MRT的安装路径（C:/MRT/data)。安装路径请查看自己电脑高级设置里的环境变量。
第3行：文件.prm文件名替换自己的.prm文件名，如果运行出错的话，可以把resample替换为其完整的路径，如D:\software_install\MRT\bin\resample.exe；
4.另存为一个modis.bat文件放在同一个文件夹下。如果出现错误，可参见bat窗口的提示，将安装目录下的datum.txt和spheroid.txt文件复制到DATA文件夹里;
5.双击modis.bat文件。运行完即可。如果运行错误，因为双击modis.bat文件信息一闪而逝，不能看到错误信息。建议打开该目录文件夹下将modis.bat输入
批处理运行过程如下：
运行后关闭即可。