前言

关于选用多少个PCA做群体分层校正,各大期刊并没有一个统一的说法。 故做了如下综述。

1 随心所欲型,想选多少就选多少

PCA想选多少就选多少,这个真的不是开玩笑。有文献出处有真相!

比如下面文献直接选用10个PCA校正群体分层。

比如选用前5个主成分校正群体分层。

比如选用前3个主成分校正群体分层。

比如选用前2个主成分校正群体分层。

2 通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分

通过EIGENSTRAT软件计算主成分

计算各个主成分是否有显著的统计学意义

将P值小于0.05的主成分纳入群体分层校正中。

如下图所示,主成分1和2是显著影响群体结构的(P<0.05),做关联分析时需要纳入协变量中

GWAS群体分层校正,该选用多少个PCA-LMLPHP

此类做法参考文献:

05-11 11:09