bioperl中fasta和fastq相互转化

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use Bio::SeqIO;
   
3. $in = Bio::SeqIO->new( -format => 'fasta', -file => 'example.ta' );
   
4. $out = Bio::SeqIO->new( -format => 'fastq', -file => '>out' );
   
5. while ( my $seq = $in->next_seq ) {
   
6.     my $id_ta = $seq->id;
   
7.     my $seq_ta = $seq->seq;
   
8.     my $hash = Qual('example2.txt');
   
9.     my $seq_tq = Bio::Seq::Quality->new(
   
10.         -qual => $hash->{$id_ta},
    
11.         -seq => $seq_ta,
    
12.         -id => $id_ta,
    
13. 
    
14.         #-trace_indices => $trace,
    
15.         #-accession_number => '',
    
16.         #-verbose => -1 # to silence deprecated methods
    
17.     );
    
18.     $out->write_seq($seq_tq);
    
19. }
    
20. 
    
21. sub Qual {
    
22.     my $file = shift;
    
23.     local $/ = '+';
    
24.     open my $FH, "<$file";
    
25.     my %hash;
    
26.     while ( my $line = <$FH> ) {
    
27.         my ( $id, $q1, $q2 ) = split( "\n", $line );
    
28.         my $qual = $q1 . ' ' . $q2;
    
29.         $hash{$id} = $qual;
    
30.     }
    
31.     close $FH;
    
32.     return \%hash;
    
33. }
    
34. __END__
    
35. 转换fasta到fastq格式:
    
36. 1、序列:(example.ta)
    
37. ">NG-5065_R-0-18_1_1_1_5_743/1
    
38. AACAAACCAACAAACNCTAACAAACCCTTTCCGNTTCCANAAANTNTNCNNNNAANNCNNNNGNCANNNCNAANAN
    
39. >NG-5065_R-0-18_1_1_1_5_1184/1
    
40. TTCGAAGGCCTTCCCGGCACGACGAACGGATGTCCAATTGGTTTCGTAGTAGTGTCANNNNNNNNTCGATCANGACA";
    
41. 
    
42. 2、其对应的序列质量为:(example2.txt)
    
43. +NG-5065_R-0-18_1_1_1_5_743/1
    
44. 22 34 32 32 28 32 32 32 30 32 32 31 26 33 30 4 29 34 34 34 32 29 32 25 33 33 30 33 34 34 31 28 29 4 29 34 33 34 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 
    
45. 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
    
46. +NG-5065_R-0-18_1_1_1_5_1184/1
    
47. 33 23 29 21 32 32 32 32 25 31 33 28 26 31 14 4 19 33 33 32 30 25 28 32 22 10 11 9 28 32 22 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
    
48. 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2