做生物的想发文章怎么办？转录调控来解析（huyou）！
最简单的情形：
1. 我在研究一个非常重要的基因A，功能已经做得差不多了，现在想深挖，第一步就是想知道哪个转录因子调控这个基因A；
2. 我发现了一个新颖的转录因子B，非常想知道这个TF到底在调控哪个基因。
研究方法不过几种：
1. RNA-seq分析差异基因，间接推测调控的转录因子。
2. 基于大量的ChIP-seq公共数据挖掘，用TF的抗体抓TF，同时抓下来TF结合的DNA，提取DNA，测序，就知道TF结合了哪些DNA，推测DNA附近的基因受该TF的调控。
3. motif分析预测，每个转录因子都有一个DNA结合结构域（DBD），喜欢结合在特定DNA序列上，也就是motif。去基因组上搜索motif所在的位置，其附近的基因就有可能受该TF的调控。
4. 做实验验证，DNase/ATAC-seq，用DNase-seq或ATAC-seq找开放区，预示着这样的区域有调控因子结合。在开放区找motif，如果有您感兴趣的TF的motif，那么这个TF很可能就在这里有结合，从而调控附近基因。
数据库：
footprintDB - 非常好用，当你有一段能结合DNA的蛋白序列（NCBI上通常有），就能搜出具有类似motif的TF。
什么是motif：
motif是比较有特征的短序列，会多次出现的，一般认为它的生物学意义重大，做完CHIP-seq分析之后，一般都会寻找motif 。查找有两种，一种是de novo的，要求的输入文件的fasta序列，一般是根据peak的区域的坐标提取好序列 。另一种是依赖于数据库的搜寻匹配，很多课题组会将现有的ChIP-seq数据进行整合，提供更全面，更准确的motif数据库。
motif的定义：motif: recurring pattern. eg, sequence motif, structure motif or network motif
DNA序列如何找motif？
蛋白质序列如何找motif?
待续~
参考：嘉因
转录因子调控了谁？挖全天下所有高通量实验数据，只为您解决这一个问题
想问一下预测motif的软件都有哪些？软件预测的要比已有数据库的motif要精细很多吗？
研究单个基因的生物信息学分析工具（大全）