要让CGI程序能正常运作，必须配置Apache以允许CGI的执行，其方法有多种。
ScriptAlias
ScriptAlias指令使Apache允许执行一个特定目录中的CGI程序。当客户端请求此特定目录中的资源时，Apache假定其中文件都是CGI程序并试图运行。
ScriptAlias指令形如：
ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/local/apache/cgi-bin/
如果Apache被安装到默认的位置，默认的配置文件httpd.conf中则会有上述配置。ScriptAlias指令定义了映射到一个特定目录的URL前缀，与Alias指令非常相似，两者一般都用于指定位于DocumentRoot目录以外的目录，其区别是ScriptAlias又多了一层含义，即其URL前缀中任何文件都被视为CGI程序。所以，上述例子会指示Apache，/cgi-bin/应该指向/usr/local/apache/cgi-bin/目录，且视之为CGI程序。
举例，如果有URL为http://www.example.com/cgi-bin/test.pl的请求，Apache会试图执行/usr/local/apache/cgi-bin/test.pl文件并返回其输出。当然，这个文件必须存在而且可执行，并以特定的方法产生输出，否则Apache返回一个出错消息。
ScriptAlias目录以外的CGI
由于安全原因，CGI程序通常被限制在ScriptAlias指定的目录中，如此，管理员就可以严格地控制谁可以使用CGI程序。但是，如果采取了恰当的安全方法措施，则没有理由不允许其他目录中的CGI程序运行。比如，你可能希望用户在UserDir指定的宿主目录中存放页面，而他们有自己的CGI程序，但无权存取cgi-bin目录，这样，就产生了运行其他目录中CGI程序的需求。
用Options显式地允许CGI的执行
可以在主服务器配置文件中，使用Options指令显式地允许特定目录中CGI的执行：
上述指令使Apache允许CGI文件的执行。另外，还必须告诉服务器哪些文件是CGI文件。下面的AddHandler指令告诉服务器所有带有cgi或pl后缀的文件是CGI程序：
AddHandler cgi-script cgi pl